Doktora Tezleri

Permanent URI for this collection


Recent Submissions

Now showing 1 - 20 of 57
  • PublicationMetadata only
    K vitamini ölçüm metodunun geliştirilmesi ve referans aralığının belirlenmesi / Development of vitamin K measurement method and determination of reference range
    DEMİREL, Metin; ŞELEK, Şahabettin
    Vitamin K plays a crucial role in essential metabolic processes such as post-transcriptional modification of glutamic acid residues, bone mineralization, calcium homeostasis, and cell cycle regulation in the human body. Therefore, determining the level of vitamin K is of great importance in diagnosing complications related to its deficiency. In this doctoral thesis, the aim is to develop an LC-MS/MS measurement method with analytical performance characteristics compliant with standards for vitamin K and its derivatives, using an innovative extraction method that provides high recovery without solid-phase extraction. Additionally, the goal is to determine the reference range of vitamin K specific to the Turkish population. This will contribute to the determination of serum vitamin K levels in patients and the diagnosis of complications related to vitamin K deficiency. During the preparation of standards, Vitamin K-d7 (5,6,7,8-d4, 2-methyl-d3) was used as the internal standard. All standards were dissolved in methanol. The internal standard solution was prepared at a concentration of 500 ng/mL. For method calibration, standards were prepared with Phylloquinone and Vitamin K2 (MK-4) chemicals at concentrations ranging from 500 ng/mL to 0.06 ng/mL. Each calibration standard was supplemented with the internal standard to a final concentration of 10 ng/mL. During the preparation of serum samples, the internal standard prepared with Vitamin K-d7 (5,6,7,8-d4, 2-methyl-d3) was added first. Ethanol, methanol, acetonitrile, chloroform, n-hexane, lipase, and ammonium sulfate solutions were used to precipitate proteins in the serum. Incubation was performed in a hot water bath (37 °C) and a deep freezer (-20 °C) for 15-30 minutes, followed by vortexing and centrifugation. The upper phase was collected and evaporated using a concentrator device. The residue was dissolved in 2-propanol, acetonitrile, and methanol chemicals to prepare analytes for serum samples. The prepared analytes were analyzed using liquid chromatography-high resolution mass spectrometry. Atmospheric pressure chemical ionization (APCI) was used as the ionization source in the mass spectrometer. Chromatographic separation was performed using a C18 - 100 x 2 mm - 3 µ column at 40 °C. The mobile phase consisted of 0.1% formic acid in water and a mixture of methanol/acetoneitrile (3:1, v/v). The developed final method underwent validation studies including tests for limit of detection, linearity, accuracy, precision, and robustness. In the limit of detection tests, analytes of Vitamin K, MK-4, and MK-7 with a concentration of 0.5 ng/mL were analyzed in 10 replicates. The obtained results were multiplied by three times the standard error to determine the detection limit. The standard error was multiplied by ten to establish the quantification limit. For the linearity tests, calibration standards were prepared at 10 different concentrations. The prepared standards were analyzed in six replicates, and a calibration curve was plotted. The results were analyzed through regression analysis. In the accuracy, precision, and robustness tests, Vitamin K analytes at concentrations of 5, 10, and 20 ng/mL were prepared. The analytes were prepared by two different analysts on two separate days and analyzed in 10 replicates. The analysis results were used to calculate intra-day and inter-day average and relative standard deviation. In the recovery tests, a serum pool sample was prepared and divided into two portions. One of the portions was spiked with a 1 ng/mL Vitamin K solution. The analytes were analyzed in 10 replicates. The obtained results were used to calculate percent recovery and bias. Serum samples from a total of 64 healthy female and 67 healthy male control group volunteers who met the inclusion and exclusion criteria were collected to determine the reference range for Vitamin K in the Turkish population. The collected samples were prepared and analyzed according to the final sample preparation procedure of the developed method. Statistical analyses performed during the validation studies were carried out using the R programming language in the RStudio software, utilizing the dplyr, tidyr, and ggplot2 packages. Spectrum analyses were conducted using the open-source software MZmine 3. Reference range calculations were performed using the Python programming language on the Google Colab platform, employing the pandas, numpy, matplotlib, and seaborn libraries. In the selected method for The calibration standard for Vitamin K1 was performed with 6 replicates, resulting in a correlation coefficient of 0.9957. During the intra-day analysis, it was determined that the analytes stored at room temperature and 2-8°C did not pose any issues. However, due to the light sensitivity of Vitamin K and its derivatives, storage conditions should be kept dark. Vitamin K, MK-4, and MK-7 analytes were analyzed with 10 replicates, and the standard error of the results was calculated as 0.009. Based on this, the method's limit of detection (LOD) and limit of quantification (LOQ) were calculated as 0.02 ng/mL and 0.09 ng/mL, respectively. The average relative standard deviation was determined as 2.15%. In the recovery tests, the levels of Vitamin K, MK-4, and MK-7 in the prepared serum pool sample were found to be 1.72 ng/mL, 0.84 ng/mL, and 0.53 ng/mL, respectively. An additional 1 ng/mL of Vitamin K was added to the sample, and after analyzing with 10 replicates, the average percent recovery values for Vitamin K, MK-4, and MK-7 were calculated as 94%, 88%, and 85%, respectively. For the determination of the reference range, a reference population consisting of 64 healthy female and 67 healthy male control group volunteers who met the inclusion and exclusion criteria was included. As a result, the reference range was calculated as 0.1-1.2 ng/mL. The method can provide results within a maximum of 30 minutes, including the pre-processing steps. Its distinguishing features from other methods in the literature include the absence of solid-phase extraction filters during the pre-processing step and the ability to deliver rapid results. After conducting method validation studies in research laboratories, it can be used for its intended purpose. Once method comparison and method validation studies are completed, it can be implemented for routine use. Python programming language was used to write the code for determining the reference range of Vitamin K, MK-4, and MK-7. To establish laboratory-specific reference ranges, which are recommended in clinical laboratories, this code can be integrated into laboratory information systems for all parameters. Enzyme-assisted extraction can also be utilized in the development of methods for quantifying other fat-soluble vitamins. Further research studies can be conducted in this field.
  • PublicationOpen Access
    Affinite ajanlarının aspergillus oryzae'de üretim platformunun oluşturulması / Developing a biotechnological platform for the production of affinity reagents in aspergillus oryzae
    KARAMAN, Elif; UYSAL, Serdar
    Antibodies are important molecules produced by living organisms' immune systems in reaction to foreign particles or antigens. For many years, monoclonal antibodies (mAbs) have been employed for therapeutic, diagnostic, and imaging applications. However, it is well known that mAb production has been limited by recombinant technologies due to their large (150 kDa) and complex structure, which includes disulfide bonds and precise post-translational modification required for the functionality. The main difficulties encountered in producing mAbs on a large scale include solubility and folding issues in Escherichia coli (E. coli) expression systems and the requirement of expensive and time-consuming production methods for obtaining low levels of mAbs in mammalian expression systems. Single-domain heavy chain antibody (VHH), also referred to as a nanobody, is a distinct class of antibody that Hamers first identified in camelids in 1993 as a component of heavy-chain antibodies (HCAbs). Due to its size of 4 nm and 2.5 nm in diameter, VHH is approximately 13 kDa and free of the light (L)-chain. Despite the fact that VHH only has three complementarity-determining regions (CDRs), it ensures extremely specific antigen binding affinity when compared to typical mAbs, which have six CDRs to sustain binding to an antijen. Furthermore, the prolonged CDR3 loop of VHH expands the binding surface by forming a convex structure to bind the concave antigens with great specificity, allowing it to interact with antigens like enzymes that mAbs cannot. The hydrophobic amino acids in the VL domain of conventional mAbs were replaced with smaller hydrophilic amino acids to compensate for the lack of the VL domain in VHH. Therefore, VHH can easily penetrate tissues owing to its small size compared to mAbs. The immunogenicity of VHH is low as domains share high sequence identity with human VH, but it can be arranged if it is required as VHH is easily modified. Due to its small size, high specificity and affinity, resilience to heat and denaturing chemicals, low immunogenicity, and high tissue penetration capability, VHH possesses special qualities that make it suitable as an affinity reagent. High-yield heterologous expression of mAbs, which are utilized as affinity reagents in biotechnological applications, is hampered by issues with three-dimensional folding and solubility challenging, as well as the requirement for expensive production procedures. On the other hand, VHHs are unique antibody fragments that are smaller in size than mAbs and have considerable advantages over them. VHHs have begun to replace mAbs in various biotechnological applications, including diagnostic, therapeutic, and imaging technologies, due to their small size, low immunogenicity, and excellent solubility behaviour. Aspergillus oryzae (A. oryzae) is a filamentous fungus that has been preferred in fermentation technology and industrial-scale production of biotechnological products for many years, and has been given a Generally Safe (GRAS) status by the United States Food and Drug Administration (FDA). Compared to the taxonomically closest Aspergillus species, A. oryzae possesses more genes in its genome, especially in terms of genes encoding hydrolytic enzymes. A. oryzae's robust secretion system makes it an ideal platform for the large-scale and reliable production of affinity reagents. The purpose of this thesis is to construct a biotechnological platform using A. oryzae as a host, which has evolved to become pyrG auxotrophic, and to demonstrate that a pyrG auxotrophic A. oryzae expression platform can be used to produce affinity reagents. Additionally, it was desired to purify the anti-RNase A VHH protein, which is specific to ribonucleic acid A (RNase A), which was chosen as the affinity reagent, on a small scale and at the fermenter level. The wild type A. oryzae RIB40 host microorganism was initially transformed by a deletion vector constructed from the upstream and downstream regions of the pyrG gene's open reading frame, without pyrG gene. Thus, homologous recombination was used to eliminate the pyrG gene from the wild-type A. oryzae genome. The pyrG gene encodes the orotidine monophosphate decarboxylase enzyme, which plays a role in the pyrimidine pathway; therefore, a pyrG auxotroph colony develops resistance to 5-FOA (5-fluoroorotic acid) and requires uracil and uridine for survival. To confirm gene deletion, repetaed streaking method on selective culture medium and qPCR analysis were performed. The expression studies of the recombinant anti-RNase A VHH protein were carried out using the pyrG auxotroph A. oryzae bacterium, whose gene deletion was confirmed. The coding sequence of the anti-RNase A VHH protein, which was codon-optimized for A. oryzae, was synthesized under the amylase promoter and an 8xHis tag attached to the C-terminus of the protein. After the transformation was achieved by the protoplast-mediated transformation method and the confirmation studies of the colony expressing the recombinant anti-RNase A VHH protein were performed, small-scale expression was carried out. VHH was successfully produced and secreted in the soluble form at approximately 13 kDa. Following the successful implementation of small-scale expression, large-scale production was practiced in a 6 L fermenter. Recombinant anti-RNase A VHH, which was expressed in A. oryzae, was purified by immobilized metal affinity chromatography (IMAC) method utilizing the 8xHis-tag at the C-terminus. The production yield achieved from small-scale expression was calculated to be 44 mg/mL, and the yield from expression in the fermenter was calculated to be 1.4 g/L. Gel filtration chromatography was conducted for further purification, and it was demonstrated that the expressed recombinant anti-RNase A VHH protein is monomeric. Total produced protein and expressed recombinant protein concentration were analyzed densitometrically and determined by the Bradford assay using bovine serum albumin (BSA) as a standard. Pull-down, gel filtration, and surface plasmon resonance (SPR) analyses were completed to ascertain the spesific interaction of anti-RNase A VHH with its target antigen, RNase A. Gel filtration chromatography assay revealed that the expressed anti-RNAse A VHH possessed the correct three-dimensional folding structure and could bind with its target antigen, while pull-down assay confirmed the existence of a spesific interaction between anti-RNase A VHH and RNase A. The binding affinity of anti-RNase A VHH expressed in A. oryzae against RNase A was determined to be 1.9 nM in the SPR analysis. According to the results, the anti-RNase A VHH affinity reagent was successfully purified on a large scale with a high binding affinity, resulting in the correct three-dimensional structure and monomeric behaviour on the the established pyrG auxotroph A. oryzae platform. From this perspective, the conclusions reached within the scope of the thesis prove that the pyrG auxotroph A. oryzae expression system, thanks to its strong secretion ability, is an ideal platform for the cost-effective production of VHH affinity reagents, which are required in various biotechnological applications and research studies, in high volume and with high binding affinity to the target antigen.
  • PublicationOpen Access
    Sınıf III maloklüzyona sahip bireylerde hızlı üst çene genişletmesi ile birlikte uygulanan yüz maskesi ve carriere class III motion® apereyinin iskeletsel ve dental etkilerinin değerlendirilmesi / Evaluation of skeletal and dental effects of face mask and carriere class III motion® appliance applied with rapid maxillary expander in individuals with class III malocclusion
    Carrière Motion® Sınıf III apareyi alt dişlerin distalizasyonu amacıyla kullanılmaktadır, ancak literatürde bu aygıtın çocuk hastalar üzerindeki etkilerini yüz maskesinin etkileriyle karşılaştıran bir çalışma mevcut değildir. Amacımız Sınıf III maloklüzyona sahip bireylerde yüz maskesi ve Carrière Motion® III apareyinin etkilerinin karşılaştırılmasıdır. Sıfır hipotezimiz hızlı üst çene genişletmesini takiben uygulanan bu iki aygıtın etkilerinin aynı olacağı yönündedir. 6-9 yaşlar arasındaki 28 bireyden tedavi öncesi (T0) ve yüz maskesi veya Carrière Motion® uygulaması bitiminden sonra (TS) alınan lateral sefalometrik röntgenler üzerinde iskeletsel, dental ve yumuşak doku parametreleri belirlenerek değerler kaydedilmiştir. Sefalometrik analizler Nemoceph® (Copyright© NEMOTEC, Madrid-İspanya) programı ile gerçekleştirilmiştir. İstatistiksel anlamlılık düzeyi 0,05 olarak belirlenmiştir, analizler MedCalc Statistical Software version 12.7.7 (MedCalc Software bvba, Ostend, Belçika;; 2013) programıyla gerçekleştirilmiştir. SNA, A-Nasionperp ve Co- A değerlerinin hem yüz maskesi, hem de Carrière Motion® III apareyi uygulanan gruplarda anlamlı artış gösterdiği tespit edilmiştir ve gruplar arası karşılaştırmada anlamlı fark bulunmamıştır. Co-Gn, Wits, ANB°, S-N ve artiküler açı parametrelerinde her iki grupta da tedavi başlangıcı ile sonu arasında gözlenen artış istatistiksel olarak anlamlıdır. SNB° değeri ise sadece Carrière Motion® grubunda T0'dan TS'ye anlamlı olarak azalmıştır. Vertikal değerlendirmede yüz maskesi grubunda maksillanın daha fazla anterior rotasyonu tespit edilirken, Carrière Motion® III apareyi grubunda daha az anterior rotasyon bulunmuştur. Alt yüz yüksekliği Carrière Motion® III grubunda az miktarda anlamlı azalma gösterirken, yüz maskesi grubunda anlamlı artış kaydedilmiştir. Tedavi öncesi ve sonrası overjet ve molar ilişki açısından her iki grupta da anlamlı fark bulunmuştur. Yumuşak doku parametrelerinden üst dudak-E çizgisi arası mesafe yüz maskesi grubunda azalmış, Carrière Motion apareyinin yumuşak dokular üzerinde etkili olmadığı tespit edilmiştir. Sıfır hipotezi reddedilmiştir, ancak Carrière Motion® III apareyinin erken dönem Sınıf III maloklüzyonun tedavisinde etkili olmuştur. Özellikle alt yüz yüksekliğinin artmasının istenmediği ve alt keserlerin eğiminin korunmasının önemli olduğu vakalarda tedavi alternatifi olabileceği düşünülmektedir.
  • PublicationOpen Access
    Mekanik dayanımları iyileştirilmiş polimerik hidrojel sistemleri / Mechanically enhanced polymeric hydrojel systems
    Yumuşak malzemelerin kullanıldığı pek çok alanda jellerin iyi mekanik özelliklere sahip olmaları kritik önem taşımaktadır. Doğal ya da sentetik polimerlerden elde edilen jeller birtakım avantajlara sahip olsalar da fizyolojik sıvılarda çok fazla şişerek genellikle çok kırılgan bir yapıya dönüşmektedirler. Bu tezin amacı, mekanik özellikleri kontrol edilebilir ve geliştirilebilir hidrojel elde edilebilmesi için, ağ yapıda moleküler seviyede bir enerji dağılım mekanizması oluşturmaktır. Bu amaç doğrultusunda hazırlanan bu tez iki bölüm şeklinde tasarlanmış olup ilk kısımda doğal bir polimer olan nişasta, ikinci kısımda ise sentetik Pluronik F127 (PF127) zincirleri kullanılarak hidrojeller hazırlanmış ve literatürde mevcut nişasta ve PF127 esaslı jellerin mekanik dayanımları arttırılmıştır. Tezin ilk bölümünde, sırasıyla lineer ve dallanmış şekilde bağlanan aynı tekrar birimlerine sahip iki homopolimer olan amiloz ve amilopektin zincirlerinden oluşan nişasta kullanılmıştır. Nişasta, yapısında bulunan hidroksil gruplarının varlığından dolayı, hidrojellerin oluşumunu içeren çeşitli uygulamalarda işlevselliğin değiştirilmesi ve geliştirilmesi amacıyla kolaylıkla modifiye edilebilir. Doğrudan çapraz bağlama durumunda, nişasta zincirlerindeki hidroksil gruplarının bir kısmı, iki veya çok işlevli bileşiklerle reaksiyona girmeye duyarlıdır. Nişastayı çapraz bağlamak amacıyla polisakkarit kimyasında en yaygın kullanılan çapraz bağlayıcı olan epiklorohidrin (ECH) kullanılmıştır. ECH üzerindeki epoksi ve halojenür grubu, nişasta yapısındaki hidroksit grubu ile reaksiyona girerek iki polimer zincirini çapraz bağlamaktadır. Bu tezde yüksek amiloz içeriğine sahip nişasta (Hylon VII) - ECH hidrojellerinin viskoelastik özellikleri araştırılmıştır. Reaksiyon bileşenlerinin konsantrasyonuna, nişastanın amiloz oranına ve yapıya başka bir polisakkarit olan Hyaluronik asit (HA) katılımına bağlı olarak jel özelliklerinin değişimi incelenmiştir. Elde edilen malzemeler şişme, viskoelastik ve morfolojik özellikleri açısından değerlendirilmiştir. Elastik ve viskoz modüller, nişasta ve ECH konsantrasyonlarına bağlı olarak artarken, NaOH'ın mol oranının, çapraz bağlama reaksiyonlarında anahtar bir parametre olduğu bulunmuştur. Devamlı basamak-deformasyon testi sırasında düşük amiloz oranı içeren ağ yapının, sol-jel geçişleri sonrası başlangıç mekanik dayanımının yaklaşık %92 ± 4'ünü kaybettiği görülmüştür. Amiloz oranı arttırıldığında ise ağ yapı sol-jel geçişlerinden sonra tamamen orijinal hallerine dönmüştür. Yüksek amiloz oranlı jeller için zamana bağlı relaksasyon testleri gerçekleştirilmiş ve yapısal dinamiklerin, HA'nın daha küçük ve daha kararlı gözenek yapılarıyla birleştirilmesiyle bir miktar bastırıldığı gözlemlenmiştir. Tezin ikinci kısmında, "Poloksamerler" olarak da bilinen ve FDA tarafından insan kullanımı için onaylanan Pluronikler kullanılmıştır. Bu moleküller hidrofilik polietilen oksit (PEO) ve hidrofobik polipropilen oksit (PPO) zincirlerinin PEO-PPO-PEO üçlü blok şeklinde birleştiği yapılardır. Pluroniklerin en önemli özelliği, konsantrasyona bağlı farklı geçiş sıcaklıklarında ısıya duyarlı misel oluşturmalarıdır. Yüksek konsantrasyonlarda, sol-jel geçişi oda sıcaklığının altında gerçekleşir. Bu nedenle, polimer oda sıcaklığında su içinde çözüldüğünde, PPO'nun hidrofobik doğası nedeniyle miseller kendiliğinden birleşir. Pluronik çözeltileri düşük sıcaklıklarda sıvı halde iken, belirli sıcaklık değerlerinin üzerine çıktıklarında jel formuna geçmekte ve soğutulduğunda tekrar sıvı hale gelmektedir. Pluronik ailesi içerisinde, medikal ve farmasötik uygulamalarda en çok tercih edilen üye, yüksek suda çözünürlüğü ve nispeten uzun hidrofobik birimleri sayesinde yüksek hidrofobik etkileşimlere sahip Pluronik® F127 (PF127)'dir. Pluronik kopolimerler, belli bir sıcaklıkta çok hızlı bir şekilde sıvı halden jel formuna geçseler de oluşan hidrojellerin mekanik dayanımlarının yetersiz olması nedeniyle fizyolojik koşullarda uzun süre dayanamazlar. Bu durum Pluronik temelli sistemlerin en önemli dezavantajlarından biridir. Hem mekanik olarak güçlü hem de enjekte edilebilir jeller elde etmek için sıcaklığa duyarlı PF127 miselleri, ışığa duyarlı kumarin ve azobenzen gruplarını tekrar eden birimler olarak taşıyan amfifilik kopolimerlerle birleştirilmiştir. Böylece sıcaklığa duyarlı PF127 esaslı akıllı jellerin mekanik dayanımlarının iyileştirilmesinin yanı sıra ışık duyarlılığına sahip enjekte edilebilir yapıların elde edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla toplamda dört monomer sentezlenmiş ve tersinir katılma-ayrılma zincir transfer (RAFT) polimerizasyonu yoluyla polimerize edilmiştir. Sentezlenmiş olan polietilen glikol (PEG) bazlı makroRAFT ajanı kullanılarak amfifilik diblok terpolimerler elde edilmiştir. Kopolimerlerin yapıları, karakterize edilmiş ve amfifilik diblok terpolimerler, suda miseller halinde bir araya getirilmişlerdir. UV ışık altında kromofor grupların varlığına bağlı misel çekirdeklerinin çapraz bağlanması UV spektroskopisi ile incelenmiştir. Jellerin reolojik özellikleri sıcaklık, bileşim, UV maruz kalma süresi, gerinim ve frekansın bir fonksiyonu olarak değerlendirilmiş enjekte edilebilirlikleri analiz edilmiştir. Hazırlanan formülasyonların hem ısıya hem de ışığa cevap verdiği, PF127 yapılarına kıyasla mekanik özelliklerinin iyileştiği ve enjekte edilebilir olduğu ortaya konmuştur. Son aşamada ise sisteme fonksiyonlandırılmış kitosan (f-kitosan) dahil edilmesiyle gözenekler arttırılarak ilaç taşıma uygulamalarında kullanılmaya yönelik ilk adımlar atılmıştır.
  • PublicationMetadata only
    Generation of plasmid-based eukaryotic model to investigate biology of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus nucleoprotein and glycoproteins / Kırım Kongo kanamalı ateşi virüsü nükleoproteinin ve glikoproteinlerinin biyolojisinin çalışılmasında plazmit temelli ökaryotik model oluşturulması
    Milyonlarca insanın ölümüne sebep olarak insanlık tarihinine yön veren pek çok farklı pandemiye RNA virüsleri sebep olmuştur. İnfluenza A virüsü, çocuk felci virüsü, rotavirüsler, dang virüsü, hepatit C virüsü, Batı Nil humması virüsü, sarı humma virüsü ve kızamık virüsü gibi ciddi insan patojenlerinin çoğu RNA virüsleridir. Küreselleşmeyle birlikte insanların birbirleriyle ve doğadaki diğer canlılarla etkileşimi günden güne artmaktadır. Bu durum, RNA virüslerinin binlerce yıldır dolaşımda kalmalarını sağlayan hızlı uyum yetenekleri sebebiyle yeni konakçılar bulmasını kolaylaştırabilmekte ve yeni pandemilerin önünü açabilecek virüs varyantlarının ortaya çıkmasını tetikleyebilmektedir. Son COVID-19 salgınında da görüldüğü gibi, RNA virüsleri zamanla daha da endişe verici bir halk sağlığı sorunu haline gelmektedir. RNA virüslerinin bağışıklık sisteminden kaçma konusundaki mahir yetenekleri bazı durumlarda etkin antiviral ilaçların geliştirilmesini zorlaştırmaktadır. Aşı ve antivirallerin üretimi için de öncelikle virüs yaşam döngüsünün aydınlatılması gerekmektedir. Bu amaca hizmet eden sağlam yöntemlerin oluşturulması, hastalığın altında yatan moleküler mekanizmaların araştırılmasında kritik bir role sahiptir. Genel terminolojide, ileri genetik, bir fenotipin genetik temelinin araştırılmasını ifade ederken, ters genetik, genetik değişikliklerin fenotip üzerindeki etkisinin incelenmesini ifade eder ki, viroloji bağlamında ters genetik, bir virüsün tamamen cDNA'dan üretilmesi anlamına gelir. Ters genetik sistemleri yüksek patojeniteye sahip virüslerin yaşam döngüleri, bağışıklık yanıtlarından kaçış yolları, virüs-konakçı etkileşimleri, aşı geliştirilme veya vektör olarak kullanılabilecek özelleştirilmiş virüslerin üretimi gibi çalışmaların BSL-2 koşullarında yapılabilmesine imkan tanıyan etkili ve kullanışlı araçlardır. Bu sistemler, virüslere ait yaşam döngüsünün moleküler temelinin tüm yönleriyle belirlenebileceği mutasyon analizlerine imkan tanımaktadır. Pek çok yüksek derecede patojenik RNA virüsünün biyolojisi hakkında muazzam miktarda bilgi, özellikle minigenomların da dahil olduğu VLP sistemlerini içeren araştırmalardan elde edilmiştir. Viral genomların replikasyonu ve transkripsiyonu minigenom sistemleri kullanılarak modellenirken, hedef hücrelerin morfogenezi, tomurcuklanması ve enfeksiyonu, transkripsiyon ve replikasyon açısından yetkin virüs benzeri partiküller kullanılarak simüle edilmektedir. Virüs yaşam döngüsü ve hastalığın patofizyolojisi konusundaki bilinmeyen mekanizmaları aydınlatmak üzere yapılan virüs benzeri parçacık çalışmaları (VLPs), insan hayatını etkileyen bu virüslere karşı etkili antiviral stratejilerin geliştirilmesinde hayati öneme sahiptir. Virüs benzeri parçacıkların, enfeksiyona sebep olabilecek genomik materyalden yoksun olması, dünyadaki birçok araştırmacının kolayca erişebildiği BSL-2 laboratuvarlarında bu tarz virüslerle yapılacak çalışmaları kolaylaştırmaktadır. Geçtiğimiz yıllarda, Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), salgın potansiyelleri ve karşı önlemlerin olmaması veya yetersiz olması nedeniyle en fazla halk sağlığı riski taşıyan ve öncelikli olarak araştırılması gereken enfeksiyon ajanları hakkında bir liste yayınlamıştır. Ülkemiz için de klinik öneme sahip Kırım Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA) ve COVID-19 hastalıkları bu listede ilk iki sırayı paylaşmaktedır. Buradan hareketle, bu tezde hem KKKA'nın etiyololojik ajanı olan Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü (KKKAV)'nin biyolojisinin ve immunolojisinin çalışılabildiği, hem de COVID-19 pandemisinin müsebbibi Şiddetli Akut Solunum Sendromu Coronavirüs 2 (SARS-CoV-2)'ye yönelik aşı adayı geliştirme çalışmalarına temel oluşturacak farklı VLP sistemlerinin geliştirmesi adına çeşitli viral protein ekspresyon çalışmaları yapılmıştır. Kırım- Kongo Kanamalı Ateşi, KKKAV'nin neden olduğu kene kaynaklı viral hemorajik bir hastalıktır. KKKA, insanlarda, sağlık sisteminin kalitesine göre %5 ila %80 arasında değişen ölüm oranlarına sahip sporadik salgınlara neden olmaktadır. Şimdiye kadar Afrika, Asya ve Avrasya'yı kapsayan geniş bir coğrafi alanda 30'dan fazla ülkede virüs izolasyonu ve/veya hastalık bildirilmiştir. Virüsün Hyalomma keneleri aracılığıyla artan bulaşı nedeniyle üç milyar insan hastalığa yakalanma riski altındadır. Bununla birlikte, dünyada en fazla vaka Türkiye'den bildirilmektedir. 2002 ile 2018 yılları arasında 11.041 vaka bildirildiğinden, KKKA Türkiye'de halk sağlığını tehdit eden ve büyüyen bir endişe haline geldi. Enzootik alanda bulunan enfekte keneler ile temas insanlarda KKKA'ya neden olmaktadır. İnsanlar dışındaki omurgalı konakçılar, enfeksiyondan sonra yalnızca asemptomatik geçici viremiden muzdariptir. Vücut sıvıları veya kontamine tıbbi ekipman ile doğrudan temas, nozokomiyal enfeksiyonların ana nedenleridir ve kesim sırasında viremik bir hayvanın dokuları veya sıvıları ile temas, insana bulaşmanın başka bir yoludur. İnsanlarda KKKA çok farklı klinik tablo ile seyredebilir.Hafif seyreden bir hastalıktan, şiddetli ve ölümcül seviyelere ulaşan bir hastalığa dönüşebilir. Şu anda KKKA için onaylanmış bir aşı veya ilaç bulunmadığından, tedavinin birincil odak noktası hastalara destekleyici bakım sağlamaktır. Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü negatif tek sarmallı zarflı bir RNA virüsüdür. Viral genom, sırasıyla RNA'ya bağımlı viral RNA polimeraz, glikoproteinler ve nükleoproteinler gibi yapısal proteinleri kodlayan L, M ve S segmentleri olarak adlandırılan üç tek sarmallı negatif RNA moleküllerinden oluşur. Her segmentte tek bir açık okuma çerçevesi (ORF) ve yüksek düzeyde korunmuş ve birbirine komplementer kodlayıcı olmayan terminal tamamlayıcı diziler bulunmaktadır. Her iki uç arasındaki kovalent olmayan etkileşim, viral polimerazın bağlanması için fonksiyonel bir promotör bölge olma görevini üstlenmektedir. CCHFV M segmentinden iki viral glikoprotein, Gn ve Gc üretilmektedir ve konak hücreye bağlanma ve internalizasyondan sorumludur. S segmentten üretilen nükleoproteinler (Np), viral genomun kapsüllenmesi ve RNA'ya bağımlı RNA polimeraz (RdRp) ile birlikte bir ribonükleoprotein kompleksinin oluşturulması, ardından konakçı hücrede viral replikasyonun ve transkripsiyonun başlatılması için çok önemlidir. Bulaş riskinin yüksek olması ve BSL-4 tesislerinin gerekliliği canlı virüs ile yapılan çalışmaları kısıtlamaktadır. Bu nedenle, virüs biyolojisi hakkında, özellikle tekil proteinler tarafından sağlanan her bilgi, literatüre değerli katkılar sağlayacaktır. Bu amaçla ilk olarak, KKKAV viral proteinleri Huh-7 hücrelerinde pcDNA 3.1 plazmidi aracılığıyla üretilmiş ve hem post-transkripsiyonel hem de post-translasyonel analizlerle viral proteinlerin ekspresyonları gösterilmiştir. ELISA ile yapılan immünolojik analizlerde, çeşitli viral protein kombinasyonlarının, farklı KKKAV VLP'lerin üretimini destekleyebileceğine dair bazı veriler elde edilmiştir. Ayrıca, benzersiz bir ambisense minigenom sistemi geliştirilmiştir. Bu sistemin ileride yapılacak VLP çalışmalarına dahil edilmesi, KKKAV Kelkit 06 suşu için transkripsiyonel ve giriş yetkin bir VLP üretilmesinin yolunu açabileceği düşünülmektedir. İkinci olarak, bu tezde, insanlık tarihinde dönüm noktası sayılabilecek ölçüde yıkıcı sonuçlarına mağruz kaldığımız COVID-19 pandemisinin müsebbibi SARS-CoV-2'ye yönelik çalışmalar yapılmıştır. 2019' un sonunda, Çin'in Wuhan şehrinde, kaynağı bilinmeyen bir dizi oldukça bulaşıcı şiddetli pnömoni vakası ortaya çıkmıştır. Moleküler biyolojideki modern gelişmeler sayesinde, bu durumun altında yatan viral ajan, ilk vakadan sonraki bir ay içinde tanımlandı ve SARS-CoV ile %79,6 sekans benzerliği nedeniyle SARS-CoV-2 olarak adlandırıldı. Yüksek bulaşma hızı nedeniyle birkaç ay içinde "koronavirüs hastalığı 2019" (COVID-19) olarak bilinen ve insan sağlığı ve kamu güvenliği için ciddi bir küresel tehdit oluşturan bir pandemiye dönüşmüştür. Ocak 2023 itibariyle 215 ülke ve bölgede 661 milyonu aşan vaka ve 6,69 milyondan fazla ölüm belgelenmiştir. İnsanlar arasında viral bulaşmanın, enfekte hastaların öksürmelerinden, hapşırmalarından veya konuşmalarından salınan solunum partikülleri yoluyla doğrudan meydana geldiği bilinmektedir. Bu yüzden, dünyanın birçok ülkesinde, çeşitli aralıklarla evde kalma emirleri, sokağa çıkma yasakları, karantinalar, güvenlik kordonları ve benzeri toplumsal kısıtlamalar gibi ilaç dışı müdahaleler uygulanmak zorunda kalınmıştır. Bu süreçte ek olarak, sporadik mutasyonlar ve rekombinasyonlar sebeiyle, virüsün daha geniş bir alana yayılmasına veya nötralize edici antikorlardan kaçabilmesine imkan tanıyan yeni varyantlar da ortaya çıkmıştır. COVID-19'un etiyolojik ajanı SARS-CoV-2, zarflı, pozitif tek sarmallı bir RNA virüsüdür. Virionda S, M, N ve E olarak adlandırılan yapısal proteinleri bulunmaktadır. E proteini iyon kanalı aktivitesine sahiptir ve olgun virüs partikülünün oluşumunda önemli olduğu düşünülmektedir. Nükleoprotein (N), pozitif anlamda viral RNA'ya yüksek afinite ile bağlanır ve onu konakçı nükleazlardan korur. M proteini virionda bol miktarda bulunur ve nükleokapside bağlanarak viral genomun paketlenmesine yardımcı olur. S proteini, virüsün hücre yüzeyindeki anjiyotensin dönüştürücü enzim 2 (ACE2) reseptörlerine bağlanmasına ve ardından endozomlara alınmasına aracılık eder. SARS-CoV-2 ile enfekte olan çoğu insan, virüs replikasyonunun esas olarak üst solunum yollarıyla sınırlı olduğu hafif ila orta şiddette bir hastalık geliştirse de, bazılarında hayatı tehdit eden bir pnömoniye dönüşmektedir ve yüzde %1 oranında fatalite görülmektedir. COVID-19' a yakalan kişilerin yaklaşık %3-20'sinde hastalık ağır seyretmektedir ve bunların yaklaşık %10-30'u için yoğun bakıma ihtiyaç duyulmaktadır. Bu durum sağlık sistemleri üzerinde büyük bir baskı oluşturmuştur. Şu anda, COVID-19' a karşı spesifik bir tedavinin henüz geliştirilmemesi COVID-19'un patogenezine ilişkin sınırlı anlayışımızı vurgulamaktadır. COVID-19'a karşı aşı geliştirme çalışmaları, viral genom dizilimi yapılır yapılmaz eşi görülmemiş bir hızla başlatıldı. Spike proteinin virüs giriş mekanizmasındaki önemli rolü nedeniyle, tüm protein veya reseptör bağlanma alanı (RBD) gibi kritik parçalar aşı tasarımında ana hedef antijen olarak kullanılmıştır. Bu kapsamda, yalnızca Spike veya tüm yapısal proteinleri içeren VLP'lerle yapılan mevcut klinik çalışmaların aksine, bu çalışmada, viral proteinlerin değişik kombinasyonları ile farklı VLP'lerin üretimine odaklanılmıştır. SARS-CoV-2 proteinleriyle bir VLP yapısı oluşturmak için minimum protein içeriğinin M ve E proteinleri olduğu öngörüsü ve S ve N proteinlerinin antijenik özellikleri nedeniyle SEM, SEN, SENM ve ENM olarak adlandırılan dört farklı SARS-CoV-2 VLP plazmidi tasarlanmıştır. amacıyla çeşitli kombinasyonlarda çoklu ekspresyon kasetleri taşıyan dört farklı plazmit oluşturulmuştur. Bu plazmitler, farklı viral ifade kasetleri kombinasyonlarının sıralı olarak klonlanmasıyla inşa edilmiştir. Viral genlerin maya genomuna entegrasyonu sonrası P. pastoris GS115 suşu ile yapılan expresyon çalışmalarında, viral proteinler çeşitli antikorlar kullanılarak tespit edilmiştir. Bu çalışmalar VLP sistemlerinin translasyonel biyoteknolojide kullanımına dair örnek bir çalışmayı temsil etmektedir ve aşı adaylarının immünojenisitesini ve güvenliğini inceleyen ileri klinik çalışmalara veri sağlayabileceği düşünülmektedir. Sonuç olarak, bu tezde yapılan deneyler, zamanımızın en ciddi insan viral patojenlerinden ikisi olan CCHFV ve SARS CoV-2'nin immünolojik açıdan önemli viral antijenik proteinlerinin ökaryotik hücrelerde ekspresyonunu ve saptanmasını göstermiştir. Bu çalışmalar laboratuvarımızda ilerideki çalışmalar için gerekli olacak kritik bir altyapı oluşturmuştur. Plazmid bazlı ekspresyon sistemlerinden yeterli miktarlarda ve ticari olarak anlamlı VLP'lerin üretilmesi ve gösterilmesi için daha fazla optimizasyona ihtiyaç duyulmaktadır. Bu virüslerin biyolojisi ve immünolojisi ile ilgili soruları VLP ve minigenom yaklaşımları ile ele almak için, farklı ifade modelleri ile ayrıntılı denemeler, dizilerin optimizasyonu, alternatif transfeksiyon sistemleri ve kararlı ifadeler gibi bu optimizasyonların yapılması gerektiğinin altı çizilmelidir.
  • PublicationMetadata only
    Adölesan idiyopatik skolyozda hibrit telerehabilitasyon yöntemiyle uygulanan pilates-temelli egzersizlerin solunum fonksiyonları, solunum kas kuvveti, fonksiyonel kapasite ve denge üzerine etkisi / The effect of pilates-based exercises practised by hybrid telerehabilitation on respiratory functions, respiratory muscle strength, functional capacity and balance in adolescent idiopathic scoliosis
    Skolyoz, omurga, toraks ve gövdenin pozisyon ve şeklindeki değişimleri içeren heterojen durumların tamamı için kullanılan genel bir terimdir. Adölesan İdiyopatik Skolyoz (AIS), bilinen her hangi bir neden olmaksızın, 10 yaş ve üstü sağlıklı bir bireyde koronal planda anormal spinal eğri oluşumu ve vertebraların rotasyonuyla karakterize bir deformite olarak tanımlanır. Cobb metoduyla ölçüldüğünde 10°'nin üzerinde spinal bir eğri görülmektedir. AIS'li hastalarda meydana gelen deformite; solunum fonksiyonları, solunum kas kuvveti, fonksiyonel kapasite, denge, yaşam kalitesi, periferik kas kuvveti ve kozmetik algı gibi birçok primer ve sekonder parametrede probleme neden olabilmektedir. AIS'de konservatif tedavi; gözlem, egzersiz eğitimi ve ortez yaklaşımlarını kapsamaktadır. Bu tedavide temel amaçlar; eğrinin progresyonunu durdurmak, mümkünse azaltmak ve AIS'in neden olduğu problemlerin önüne geçmek, var olan problemleri ise iyileştirmektir. AIS'li hastaların tedavisinde kullanılan bir çok farklı egzersiz eğitim yöntemi bulunmaktadır. Pilatestemelli egzersiz eğitimi de bu yöntemlerden biridir. Bu çalışma AIS'li hastalarda postüral düzeltmeleri ve eğri tipine-lokalizasyonuna göre belirlenen solunum paternini içeren ve hibrit telerehabilitisyon yöntemiyle uygulanan pilates-temelli egzersiz eğitiminin solunum fonksiyonu, solunum kas kuvveti, fonksiyonel kapasite ve denge üzerine etkisini araştırmayı amaçlamıştır. Çalışma kapsamında 10-18 yaş aralığında olan 32 AIS tanılı hasta randomize edilerek eğitim ve kontrol grubuna ayrıldı. Tüm hastalara Cobb açısı ölçümü, gövde rotasyon açısı ölçümü, fleksibilite değerlendirmesi, solunum fonksiyon testi, solunum kas kuvveti ölçümü, fonksiyonel kapasite değerlendirmesi, postüral stabilite-denge değerlendirmesi, core kas enduransı ölçümü, periferik kas kuvveti ölçümü, yaşam kalitesi ve kozmetik deformite algısı değerlendirmeleri yapıldı. Eğitim ve kontrol grupları egzersiz eğitimi süreçlerinin ilk 2 haftasında, haftada bir gün süpervize seanslara katıldı. Hastalar bu seanslar esnasında pilatesin temelleri, eğri tip ve lokalizasyonlarına göre belirlenen postüral düzeltmeler ve solunum prensipleri hakkında bilgilendirildi. Eğitim grubu sonraki 10 hafta boyunca haftada 3 gün fizyoterapist eşliğinde senkron online seanslara alındı, 4 gün egzersizleri evde sürdürüldü. Kontrol grubu ise aynı egzersizleri haftada 7 gün, 10 hafta boyunca evtemelli olarak sürdürdü. 12 Haftanın sonunda tüm değerlendirmeler tekrarlandı. Veri analizi için SPSS v.26 programı kullanıldı ve tüm analizler için anlamlılık düzeyi p<0,05 olarak kabul edildi. 12 Haftanın sonunda tedavi öncesine göre eğitim grubunda Cobb açısında, gövde rotasyon açısında, fleksibilite testlerinde, FEV1 ve PEF değerlerinde, MIP ve MEP değerlerinde, AHMYT mesafesinde, EMYT yürüme seviyesinde, stabilite limitleri testinin tamamlanma süresi dışındaki tüm xiii parametrelerinde, core kas enduransında, periferik kas kuvvetinde, yaşam kalitesinin ruh sağlığı parametresi dışındaki tüm parametrelerinde ve kozmetik deformite algı skorunda istatistiksel olarak anlamlı gelişmeler görüldü (p<0,05). Kontrol grubunda ise tedavi sonrasında tedavi öncesine göre; gövde rotasyon açısında, MIP ve MEP değerlerinde, AHMYT mesafesinde, stabilite limitleri testinin bazı parametrelerinde, sağ M. Biceps kuvveti parametresi dışındaki periferik kas kuvveti değerlerinde ve yaşam kalitesinin bazı parametrelerinde istatistiksel olarak anlamlı iyileşmeler saptandı (p<0,05). Eğitim ve kontrol grubu karşılaştırıldığında Cobb açısında, yana eğilme testlerinde, PEF değerinde, MIP ve MEP değerlerinde, EMYT yürüme seviyesi değerinde, stabilite limitleri testine ait genel skor, sola ve öne/sağa parametrelerinde, core kas enduransında, sol M. Quadriceps kuvvetinde ve kozmetik deformite algı skorunda eğitim grubunda daha fazla gelişme saptandı (p<0,05). Literatür ve çalışmamızın sonuçları göz önünde bulundurulduğunda, pilates-temelli egzersizlerin hibrit telerehabilitasyon yöntemiyle uygulanmasının ek gelişmeler sağlayabileceği, bu egzesizlerin ev-temelli veya telerehabilitasyon yöntemleriyle AIS'li hastalarda uygulanılabileceği ve rutin fizyoterapi programına eklenebileceği sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: adölesan idiyopatik skolyoz, pilates egzersizleri, telerehabilitasyon, solunum fonksiyon testi, solunum kas kuvveti, fonksiyonel kapasite, denge, postural stabilite, core kas enduransı, periferik kas kuvveti, kozmetik deformite algısı, yaşam kalitesi
  • PublicationOpen Access
    İnterstisyel akciğer hastalarında solunum kas eğitiminin solunum parametreleri, fonksiyonel kapasite, denge ve yaşam kalitesi üzerine etkisi / The effect of respiratory muscle training on respiratory parameters, functional capacity, balance and quality of life in interstitial pulmonary patients
    İnterstisyel akciğer hastalıkları (İAH); akciğer parankimini etkileyen belirli klinik, radyolojik ve histopatolojik özellikleri bulunan; inflamasyon ve fibrozis ile karakterize, akut ya da kronik seyirli bir parankimal akciğer hastalığıdır. İAH’ta hedef yapı interstisyum olup zamanla hastalığın ilerlemesine bağlı olarak alveoller, alveoler boşluklar, bronş lümeni ve bronişyoller de etkilenerek akciğer parankiminin tümünde tutulum görülür. İAH’ın tüm bu genel özellikleri egzersiz sırasında solunum iş yükünün artmasına ve ventilatuar bozulmaya neden olmaktadır. İAH’ta genel olarak semptomlar; dispne, öksürük, egzersiz intoleransı, yorgunluk, solunum ve periferik kas zayıflığı, fonksiyonel kapasite ve sağlıkla ilişkili yaşam kalitesinin azalmasıdır. İAH’ı olan hastalarda pulmoner rehabilitasyon (PR) programlarının semptom yönetimi, solunum ve periferik kas kuvveti, fonksiyonel kapasite, yaşam kalitesi, anksiyete ve depresyon üzerine etkilerinin gösterildiği çalışma sayısı kısıtlıdır. Kılavuzlarda; altta yatan hastalıktan bağımsız olarak tüm kronik solunum sistemi hastalıklarının tedavisinde PR’nin önemi vurgulanmış ve bu kapsamda PR programları önerilmiştir. Bahsedilen kılavuzlarda; solunum kas eğitimi şüpheli ve doğrulanmış solunum kas zayıflığı olan hastalarda PR’ye yardımcı tedavi olarak önerilmektedir. Literatürde kısıtlı sayıda çalışmanın bulunmasından ötürü, İAH hastalarında iyi yapılandırılmış ve denetlenen solunum kas eğitiminin solunum fonksiyonları, periferik kas kuvveti, fonksiyonel kapasite, denge ve yaşam kalitesi üzerine olası etkileri tam olarak bilinmemektedir. Bu nedenle, solunum kas eğitiminin solunum fonksiyonları, periferik kas kuvveti, fonksiyonel kapasite, denge ve yaşam kalitesi üzerine etkilerini araştırmak amacıyla bu çalışmayı planladık. Çalışmaya 24-75 yıl aralığında olan ve İAH tanısı ile takip edilen 24 hasta alındı. Bu hastalara solunum fonksiyon testi (SFT), solunum ve periferik kas kuvveti ölçümü, altı dakika yürüme testi (6DYT) ve “Biodex Balance System®” cihazı ile postural stabilite ve stabilite limitleri testleri yapıldı. Ayrıca hastaların dispne algıları ve yaşam kalitesi değerlendirildi. Kontrol grubundaki tüm hastalara 8 hafta süresince, haftada 5 gün ve günde 2 kez olacak şekilde solunum kontrolü, diyafragmatik ve bilateral segmental solunum egzersizleri, pektoral germe egzersizleri, etkili öksürük teknikleri, gevşeme pozisyonları ve yürüyüş önerilerini içeren ev temelli göğüs fizyoterapisi programı verildi. Eğitim grubundaki hastalara ise ev temelli göğüs fizyoterapisi programına ek olarak; 8 hafta boyunca, haftada 5 gün ve günde 2 defa 15 dakika uygulanmak üzere xvi Threshold IMT cihazı ile maksimum inspiratuar basıncın %30’u şiddetinde inspiratuar kas eğitimi verildi. Sekiz haftanın sonunda tüm ölçümler tekrarlandı. Veri analizi için SPSS v.26 kullanıldı. Analizlerde Shapiro-Wilk testi ile normal dağılım özellikleri incelendi. Niteliksel değişkenlerin analizi için Ki-kare (χ²) testi kullanıldı. Grup içi karşılaştırmalarda; normal dağılım gösteren gruplarda Paired Sample T-test, normal dağılım göstermeyen gruplarda Wilcoxon testi kullanıldı. Gruplar arası karşılaştırmalarda ise; normal dağılım gösteren sayısal verilerde Independent Samples T-test kullanıldı, normal dağılım göstermeyen gruplar arası karşılaştırmalarda Mann Whitney U testi kullanıldı. Grup içi ya da gruplar arası tüm analizlerde istatistiksel olarak anlamlılık düzeyi p<0,05 olarak kabul edildi. Sekiz haftalık tedavi sonrası hem eğitim hem de kontrol grubunda; “Modified Medical Research Council” (mMRC) skoru, maksimum inspiratuar ve ekspiratuar basınç (MIP ve MEP) değerleri, 6DYT mesafesi (6DYTM) ve %6DYTM değerlerinde ve St. George solunum anketinin (SGRQ) total ve aktivite skorunda istatistiksel açıdan anlamlı gelişmeler elde edildi (p<0,05). Eğitim grubunda bu gelişmelere ek olarak; vizuel analog skalanın (VAS) istirahat skoru, SFT parametrelerinden FEF25-75 değeri, M. Quadriceps kas kuvvetleri ve SGRQ’nun semptom ve etkilenme skorlarında anlamlı gelişmeler elde edildi (p<0,05). Eğitim ve kontrol grubu arasında tedavi sonrası meydana gelen değişimler kıyaslandığında; eğitim grubunda MIP ve MEP değerlerinde, 6DYTM ve %6DYTM değerlerinde ve SGRQ’nun semptom alt skorunda meydana gelen iyileşme kontrol grubuna kıyasla istatistiksel açıdan anlamlı şekilde daha yüksekti (p<0,05). Sonuç olarak, solunum kas eğitiminin İAH’lı hastalarda solunum kas kuvvetini arttırarak dispne algısını azaltabileceği, fonksiyonel kapasite ve sağlıkla ilişkili yaşam kalitesinde anlamlı gelişmelere neden olabileceğini düşünmekteyiz. Kılavuzlarda PR’ye ek olarak önerilen solunum kas eğitiminin, sağlanabilecek kazanımlar göz önünde bulundurulduğunda İAH’lı hastaların tedavisinde kullanılmasını önermekteyiz.
  • PublicationOpen Access
    İskeletsel sınıf III hastalarda şeffaf plaklar ile ortognatikcerrahi uygulamalarının dişsel, iskeletsel, yumuşak doku vekemik biyobelirteç değişimlerinin incelenmesi / Evaluation of dental, skeletal, and soft tissue changesof orthognathic surgery with clear aligners inskeletal class III patients
    Cerrahi öncesi ortodontik tedavi ortognatik cerrahi planlanan hastalarda en çok zaman harcanan aşamadır. Normal bir estetik görünüm beklentisiyle kliniğe başvuran iskeletsel anomaliye sahip hastaların beklentisinin tersine cerrahi öncesi ortodontik tedavi mevcut anomalinin tüm gerçekliğiyle ortaya çıkarılmasını sağlar. Günümüzde şeffaf plakların tanıtımı ve büyük ölçüde benimsenmesiyle beraber ortodontik tedavi bir değişim yaşamaktadır. Birçok hasta dentofasiyal deformitelerini de düzeltmek için ortognatik cerrahi gerektirenler de dahil olmak üzere estetik ve metal olmayan tedavi alternatiflerini talep etmektedir. Çalışmamızda Sınıf III cerrahi hastalarının hızlı tedavi olma ve estetik arzularına cevap verebilmek adına şeffaf plaklarla cerrahi öncesi tedavileri gerçekleştirilmiş, opere edilmelerine engel teşkil eden erken temaslar minivida uygulamaları ile ortadan kaldırılarak zaman kazanılmıştır. Hastaların cerrahi planlamaları ve splint üretimleri 3 boyutlu cerrahi planlama yazılımı sayesinde dijital olarak gerçekleştirilerek daha öngörülebilir bir cerrahi sunulmuştur. Cerrahi sonrası bölgesel hızlandırma fenomeni sayesinde plak değişimi hızı arttırılmış ve hastalara daha hızlı, konforlu, estetik ve hijyenik bir tedavi sunulmuştur. Çalışmaya sagital iskeletsel uyumsuzluğa sahip (ANB: 5,2°) 18-20 yaş aralığında (ort.18,2 yıl) dahil edilen 5 hastadan ameliyat öncesi ve sonrası olmak üzere iki farklı zamanda sefalometrik verileri elde edilmiş ve sert ve yumuşak doku analizleri gerçekleştirilmiştir. Hastaların cerrahi öncesi ve cerrahi sonrası 1.,2. ve 3. ay dişeti oluğu sıvı numuneleri toplanmıştır. Diş eti oluğu örnekleri Periopaper strip ile sağ üst ve alt kanin dişlerin mesial ve distalinden toplanmış, Periotron cihazında miktar tespiti yapılarak biyokimyasal ölçüm yapılıncaya kadar -80° de saklanmıştır. Daha sonra elde edilmiş örneklerden ELİSA kitleri ile kemik metabolizma biyobelirteçlerinden OPG, IL-1, TGF-1β ve OPN miktar tayini edilmiştir. Nicel değişkenlerin normal dağılıma uygunlukları Shapiro Wilk testi ile incelenmiştir. Normal dağılan değişkenler için iki bağımsız grup ortalama karşılaştırmasında student t testi, varyans homojenliği ise Levene testi ile incelenmiştir. Normal dağılmayan değişkenler için ise iki bağımsız ortalama karşılaştırmasında Mann Whitney U testi kullanılmıştır. Normal dağılım gösteren değişkenler için periyotlar arasındaki ortalamaların karşılaştırılmasında tekrarlı ölçümlerde varyans analizi yöntemi kullanılmış ve küresellik varsayımı Mauchly's test ile değerlendirilmiştir. Normal dağılmayanlar için ise Friedman testi kullanılmıştır. Hesaplamalarda istatistiksel anlamlılık düzeyi 0,05 olarak alınmış ve analizlerde SPSS (version 28) paket programı kullanılmıştır. 16 Çalışmamızda alt çenedeki Osteopontin ve Interlökin-1b değerlerinde istatistiksel olarak anlamlı artışlar tespit edilmiştir. Alt çene kanin dişinin distal dişeti oluğu sıvı örneklerinde OPG değerinde anlamlı düşüş görülmüştür. Çalışmamızın gruplar arası karşılaştırılmasında T2 ve T3 zaman diliminde OPG değer ortalamaları kontrol cerrahi grubunda, şeffaf plaklarla cerrahi grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı düşük bulunmuştur.Üst çene kanin dişinin mesial ve distal dişeti oluğu sıvısı örneklerinde istatistiksel olarak anlamlı artış tespit edilmiştir. Erken cerrahi hastalarının ameliyatları tamamlanmış ve tüm bireyler estetik ve uyumlu bir dentofasiyal ilişkiye geleneksel yöntemden daha erken dönemde kavuşmuştur. Tüm çalışma grubu hastaları cerrahi öncesi dönemde prematür kontakları elimine etmek ve transvers yöndeki uyumsuzluğu çözmek amacıyla minivida destekli biyomekaniklerle desteklenmiştir. Böylelikle cerrahi operasyonda daha fazla ve dengeli bir yüzey teması elde edilmiştir. Çalışma grubu hastalarda şeffaf plaklarla hijyeni sağlama kolaylığı ve periodontitis insidansının düşük olması ölçümlerde salt RAP fenomenine bağlı biyobelirteç artışlarını vermiştir. Çalışma grubu hastalarında RAP fenomenine bağlı olarak ortodontik diş hareketi artmıştır ve şeffaf plak değişimi hızlanmıştır (ortalama 5 gün).
  • PublicationOpen Access
    Pterigo-maksiller bileşke yapısının cerrahi destekli maksiller genişletme işlemine etkisinin sonlu eleman analiziyle incelenmesi / The evaluation of the effect of the pterygo-maxillary junction structure on surgically assisted maxillary expansion by finite element analysis
    Amaç: Cerrahi destekli maksiller genişletmede pterigo-maksiller bileşkeye yaklaşım ile ilgili kesin bir fikir birliği yoktur. Bölgeyle ilişkili önemli nöro-vasküler yapıların varlığı nedeniyle bazı araştırmacılar tarafından pterigo-maksiller osteotomi önerilmezken diğer bir grup araştırmacıysa bu bölgenin üst çene genişletmesi için ciddi bir direnç noktası oluşturacağı ve ayrılması gerektiğini savunmaktadır. Bu çalışmada, pterigomaksiller bileşkenin morfolojik karakteristiği radyolojik olarak belirlenmiş ve sonlu elemanlar analizi ile üst çene genişletme paternine etkileri incelenmiştir. Materyal- Methot: Bezmialem Diş Hekimliği Fakültesi radyoloji arşivinde mevcut olan 18-30 yaş arasındaki tam dişli sağlıklı bireylere ait olan 240 maksilla tomografisi incelenerek pterigomaksiller bileşkenin 3 boyutlu morfolojisi her boyut ( derinlik, kalınlık, uzunluk) için ayrı ayrı ölçülmüştür. Elde edilen boyutsal değerler kullanılarak birinci çeyrek, ortanca, üçüncü çeyrek değerleri hesaplanmıştır. Bu değerler kullanılarak sonlu elemanlar analizi yöntemiyle 7 farklı maksilla modeli oluşturulmuştur. Oluşturulan modellerde cerrahi destekli genişletme işlemi simüle edilerek, pterigomaksiller bileşkede ve ilişkili diğer direnç bölgelerinde oluşan stres değerleri incelenmiştir. Bulgular: Maksillanın genişletilmesiyle birlikte pterigomaksiller bölgede oluşan stresi en fazla arttıran unsurun derinlik olduğu ve bunun kalınlık ve yüksekliğin takip ettiği görülmüştür. Pterigomaksiller bölge yüksekliğin artması stresin azalmasına yol açmıştır. Ayrıca pterigomaksiller bileşkenin boyutlarının daha büyük olduğu modellerde zigomatik ark, frontozigomatik sütur, medial pterigoid plate gibi alanlarda oluşan stresler artmıştır. Pterigo-maksiller bileşkenin boyutsal olarak artışı transversal genişlemede posterior bölgeye gittikçe azalmayla sonlanmıştır. Sonuç: Bu çalışmanın sonuçlarına göre, transversal darlığın özellikle posterior maksillayı da içerdiği durumlarda, pterigomaksiller bileşkenin derinlik ve kalınlığının artışının bu bölgede osteotomiye olan ihtiyacın belirlenmesinde kritik faktörler olduğu söylenebilir. Anahtar Kelimeler: Sonlu elemanlar analizi, pterigo-maksiller bileşke, SARPE
  • PublicationOpen Access
    Development of whole blood stage vaccine for malaria treatment via CRISPR-gene editing technology / CRISPR-gen düzenleme teknolojisi ile sıtma tedavisinde kullanılacak canlı zayıflatılmış kan evresi aşısı geliştirilmesi
    Sıtma insanlık tarihinin ilk yıllarından beri özellikle gebe ve çocukları etkileyen ve binlerce insanın ölümüne yol açmış başlıca küresel sağlık problemlerinden biridir. Sıtma tedavisinde karşılaşılan en büyük zorluk sıtma ilaçlarına karşı gelişen ilaç direncidir. Sıtmanın yok edilebilmesi için aşılama en güvenilir ve önemli yöntemlerden biridir. Ancak sıtma tedavisinde kullanılacak mevcut bir aşının bulunmadığı ve geliştirilen alt birim aşı adayları etkinliğinin % 0-30 arasında olduğu rapor edilmiştir. Diğer yandan, deneysel aşılamalarda kullanılan canlı zayıflatılmış aşıların steril bağışıklığı indüklediği gösterilmiştir. Ancak gen düzenleme teknolojilerinin yetersiz olması canlı zayıflatılmış aşıların geliştirilmesini sınırlamaktadır. İnsan sıtma türünde nucleosit transport gen ailesinin 4 üyesi (NT1, NT2, NT3 ve NT4) tanımlanmıştır ve her bir aile üyesinin konakçıdan pürin alımında rol oynadığı düşünülmektedir. Bu tez çalışmasında nucleosit transport 1 geni P. yoelii ve P. berghei suşlarından CRISPR-Cas9 gen düzenleme yöntemiyle silinmiştir. CRISPR-Cas9 teknolojisi, çeşitli canlı organizma genlerinin düzenlenmesinde kullanılmaktadır. CRISPR-Cas9 teknolojisi homolog rekombinasyon temelli gen hedefleme yöntemini geliştirmede ışık tutmaktadır. Bu çalışmada ayrıca üretilen nükleosit transport 1 geni silinmiş parazit suşları ile karışık doz canlı zayıflatılmış kan evresi sıtma aşısı modeli geliştirilmiştir. Eşit miktarda Pbnt1(-) ve Pynt1(-) parazitleri karıştırılarak taze ya da dondurulmuş formda oluşturulan aşılar tek doz subkutan yolla farklı fare gruplarına injekte edilmiştir. Ardından aşının etkinliği yabanıl tür P. berghei ANKA ve P. yoelii 17-XNL ile intravenöz olarak injekte edilerek incelenmiş ve steril koruma gözlemlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, genetik yöntemlerle zayıflatılmış iki farklı parazit türünün tek doz deri altı subpatent injeksiyonunun insanlarda da iki farklı türdeki sıtma infeksiyonuna karşı koruyucu olabileceğini düşündürmektedir. NT1 geni silinmiş parazitler pürin içeren kültürlerde üretilebilir ve endemik bölgelere dondurulmuş dozlar olarak sıvı nitrojen içinde gönderilebilir. Bu tezde ayrıca nükleosit transport 4 geninin plazmodium yaşam döngüsündeki rolü potansiyel sıtma aşı hedefi olarak incelenmiştir. NT4 nakavt P. berghei parazitleri üretilmiş, bu parazitlerin kan evresindeki gelişiminde belirli bir farklılık görülmemiştir. Ancak, sporozoitlerin ookistlerden çıkışı ve tükrük bezini istilasında bir kısıtlanma gözlemlenmiştir. Ayrıca, tükrük bezi ve hemolenften toplanan Pbnt4(-) sporozoitlerinin infeksiyona sebep olmadığı belirlenmiştir. Sonuç olarak gelecekteki NT4 geni sıtma transmisyon blokaj çalışmaları için umut vaadedicidir.
  • PublicationOpen Access
    İki endemik sideritis türü üzerinde fitokimyasal ve biyoaktivite çalışmaları / Phytochemical and bioactivity studies on two endemic sideritis species
    Bu çalışmada ülkemiz için yüksek endemizm gösteren Sideritis cinsine ait iki tür olan Sideritis congesta P.H. Davis et Hub.-Mor. ve Sideritis stricta Boiss. & Heldr. apud Bentham için fitokimyasal ve biyoaktivite çalışmaları yürütülmüştür. İki bitkinin topraküstü kısımlarından maserasyon ile metanol (MeOH) ekstreleri ayrı ayrı hazırlanmış, ardından sıvı-sıvı geri-ekstraksiyon ile petrol eteri (PE), diklorometan (DCM), etilasetat (EtOAc) ve butanol (BuOH) ekstreleri elde edilmiştir. Seçilen ekstrelerde (MeOH, PE, DCM ve BuOH) sitotoksik aktivite WST-1 hücre proliferasyon testi ile MCF-7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatları ile MCF-10A fibrokistik meme epitelyal hücre hattında test edilmiştir. Test edilen ekstreler içinde S. congesta için DCM ekstresi, S. stricta için DCM ve PE ekstreleri diğer ekstrelerden daha aktif olarak gözlenmiştir. S. stricta BuOH ekstresi, tüm ekstreler içinde en yüksek ekstraksiyon verimine sahip olduğu için ve S. congesta DCM ekstresi diğer ekstrelerden daha aktif bulunduğu için çeşitli kromatografik yöntemlerle saflaştırma işlemine tabi tutulmuştur. S. congesta DCM ekstresinden linearol, 7-epikandikandiol ve foliol; S. stricta BuOH ekstresinden ise 4'-O-metilhipolaetin-7-O-[6'''-O-asetil- β-D- allopiranozil -(1→2)- 6''-O-asetil]- β-D- glikopiranozit (F1), izoskutellerain-7-O-[6′′′-O-asetil-β-D-allopiranozil-(1→2)-6′′-O-asetil-β-D-glikopiranozit] (F2), 4′-O-metilizoskutellerain-7-O-[6′′′-O-asetil- β-D-allopiranozil -(1→2)-6′′-O-asetil- β-D- glikopiranozit] (F3), 3'-O-metilhipolaetin-7-O-[6'''-O-asetil- β-D- allopiranozil-(1→2)-6''-O-asetil- β-D- glikopiranozit] (F4), saflaştırılmıştır. Saflaştırılan maddelerin yapı tayini 1D ve 2D-NMR ile MS spektroskopik yöntemleri kullanılarak yapılmıştır. Sıvı-sıvı ekstraksiyonla elde edilmiş PE, DCM, EtOAc ve BuOH ekstrelerinde fenolik maddelerin tespiti ve miktar tayini LC-HRMS ile gerçekleştirilmiştir. Her iki bitkinin alt ekstrelerinin analizi en zengin fenolik madde içeriğinin EtOAc ve müteakiben BuOH ekstrelerinde olduğunu göstermiştir. S.congesta ekstrelerinde p-kumarik asit ve verbaskozit, S. stricta eksrelerinde ise verbaskozit ve klorojenik asit yüksek miktarda saptanmıştır. S. congesta DCM ekstresinden izole edilen linearol ve 7-epikandikandiol maddeleri için WST-1 testi gerçekleştirilmiş ve ekstrede linearolün yüksek miktarda bulunmasına rağmen aktivite göstermediği, dolayısıyla ekstrenin aktivitesinden sorumlu olmadığı, buna karşın 7-epikandikandiol 72 saat inkübasyon ile MCF-7, MDA-MB-231 ve MCF-10A hücre hatlarında orta-iyi derecede aktivite gösterdiği bulunmuştur (IC50 değerleri sırasıyla 12.39, 31.96 ve 11.90 µM bulunmuştur). Saflaştırılmış diterpenler (linearol, foliol ve 7-epikandikandiol) ile F2, F3 ve F4 flavonoid glikozitlerinde sitotoksik aktivite tayini resazurin testi ile CCRF-CEM ve çoklu ilaca dirençli CEM/ADR5000 lösemi hücre hatları kullanılarak da yapılmıştır. Flavonoid glikozitleri seçilen hücre hatları üzerinde aktif bulunmazken test edilen diterpenlerden en aktifi 7-epikandikandiol olarak saptanmıştır (IC50 değeri her iki hücre hattı için sırasıyla 16.83 ± 1.00 µM ve 31.52 ± 3.00 µM). Tez kapsamında Sideritis congesta, Zingiber officinale (zencefil), Tilia sp. (ıhlamur) ve Cinnamomum sp. (tarçın) bitkilerinin ekstreleri kullanılarak şurup formülasyonu hazırlanmış ve formülasyona giren bitkilerin geleneksel kullanımları doğrultusunda üst solunum yolları enfeksiyonu ile ilişkili semptomların azaltılmasında kullanılabileceği belirtilmiştir.
  • PublicationOpen Access
    Bronşektazili çocuk hastalarda sanal gerçeklik temelli farklı egzersiz eğitimlerinin solunum fonksiyonu, solunum ve periferik kas kuvveti, fonksiyonel kapasite ve denge üzerine etkisi / The effect of different virtual reality-based exercise trainings on pulmonary function, respiratory and peripheral muscle strength, functional capacity and balance in children with bronchiectasis
    Bronşektazi, kronik inflamasyon ve enfeksiyonun bronş duvarlarında oluşturduğu hasara bağlı olarak bir veya birden fazla bronşta meydana gelen geri dönüşümsüz dilatasyon ve harabiyet ile karakterize kronik bir akciğer hastalığıdır. Özellikle düşük sosyoekonomik duruma sahip gelişmekte olan ülkelerde yaygın bir prevalansa sahip olan bronşektazi; ağır formlarında ve geç evrelerinde mortalite için önemli bir risk faktörüdür. Bozulan gaz değişim mekanizması ve sekresyonun hava yollarında oluşturduğu kalıcı obstrüksiyon; solunum fonksiyonu, solunum ve periferik kas kuvveti ve fonksiyonel kapasitede kayıplar meydana getirmektedir. Ek olarak akciğer dışı bir semptom olarak denge, kronik solunum sistemi hastalıklarında incelenmesi gereken güncel bir araştırma konusudur. Hastalığın tedavi ve yönetimine yönelik hazırlanmış kılavuzlarda, hava yolu temizleme teknikleri ve egzersiz eğitiminin önemi vurgulanmaktadır. Literatürde, hasta uyumu ve katılımın bir egzersiz programının etkinliğini belirlemede temel faktörler olduğu belirtilmekte ancak zayıf hasta uyumu ve düşük katılım oranı, bronşektazili hastalarda karşılaşılan yaygın sorunlar olarak bildirilmektedir. Kronik solunum sistemi hastalarında kullanımı giderek artan video oyun temelli sanal gerçeklik uygulamaları, alternatif ve yenilikçi bir fizyoterapi ve rehabilitasyon yaklaşımı olarak tanımlanmakta; hastaların motivasyon, ilgi, egzersize uyum ve aktif katılımını artırması sayesinde etkili ve yararlı bir yöntem olarak belirtilmektedir. Bilinen yararlarına rağmen bronşektazili hastalarda sanal gerçeklik temelli egzersiz eğitiminin etkilerini inceleyen sınırlı sayıda çalışma mevcuttur. Bu nedenle sanal gerçeklik temelli farklı egzersiz eğitimlerinin solunum fonksiyonu, solunum ve periferik kas kuvveti, fonksiyonel kapasite ve denge üzerine etkilerini araştırmak amacıyla bu çalışmayı planladık. Çalışmamız kapsamında yaşları 8-18 yıl aralığında olan 39 bronşektazili çocuk hasta randomize şekilde kontrol grubu (Grup 1), "Wii Fit" egzersiz grubu (Grup 2) ve "Breathing Games" egzersiz grubu (Grup 3) olarak 3 gruba ayrıldı. Tüm hastalara solunum fonksiyon testi (SFT), solunum ve periferik kas gücü ölçümü, 6 dakika yürüme testi (6DYT) ve "Biodex Balance System®" (BBS) cihazı ile postural stabilite, stabilite limitleri ve dengenin duysal entegrasyonu testleri uygulandı. Her üç grupta yer alan tüm hastalara, 8 hafta boyunca, haftada 5 gün, günde 2 kez diyafragmatik solunum egzersizi, torakal ekspansiyon egzersizleri, insentif spirometre ve osilasyonlu pozitif ekspiratuar basınçlı cihazlar ile egzersizler, postural drenaj ve perküsyon uygulamaları, öksürüğü geliştirme teknikleri ve fiziksel aktivite önerilerini içeren ev temelli göğüs fizyoterapisi programı verildi. Grup 2'de yer alan hastalar ev temelli göğüs fizyoterapisi programına ek olarak; 8 hafta süresince, haftada 2 gün, fizyoterapist eşliğinde aerobik egzersizlerden oluşan "Wii Fit" egzersiz programına alındı. Grup 3'de yer alan hastalar ev temelli göğüs fizyoterapisi programına ek olarak; 8 hafta süresince, haftada 2 gün, fizyoterapist eşliğinde solunum egzersizlerden oluşan "Breathing Games" egzersiz programına alındı. Sekiz haftanın sonunda tüm değerlendirmeler tekrarlandı. Veri analizi için IBM SPSS v.26 programı kullanıldı. Verilerin normal dağılım özellikleri Shapiro-Wilk testi ile incelendi. Grup içi verilerin karşılaştırılmasında normal dağılıma sahip verilerde Paired Sample T-test, normal dağılıma sahip olmayan verilerde ise Wilcoxon testi kullanıldı. Normal dağılım gösteren gruplar arası veriler One Way Anova testi ile karşılaştırıldı ve anlamlı fark bulunan değişkenler için farkın hangi gruplar arasında olduğunu tespit etmede post hoc test olarak Tukey HSD testi kullanıldı. Normal dağılım göstermeyen gruplar arası veriler ise Kruskal Wallis testi ile karşılaştırıldı. Nonparametrik testlerde anlamlı fark bulunan değişkenlerin hangi gruplar arasında olduğunu belirlemede üç grup için ikişer karşılaştırmalar şeklinde Mann Whitney U testi kullanıldı. Tüm analizler için anlamlılık düzeyi p<0.05 olarak kabul edildi. Sekiz haftalık eğitim sonrasında, Grup 1'de tüm SFT parametrelerinin hem ölçülen hem de % prediktif değerlerinde, maksimum inspiratuar ve ekspiratuar basınç (MIP ve MEP) değerlerinde ve 6DYT mesafesinde tedavi öncesine kıyasla istatistiksel anlamlı gelişme elde edildi (p<0,05). Grup 2'de ise tüm SFT parametrelerinin hem ölçülen hem de % prediktif değerlerinde, MIP ve MEP değerlerinde, sağ ve sol taraf M. Quadriceps ve M. Biceps kas kuvvetinde, dominant ve non-dominant taraf kavrama kuvvetinde, 6DYT mesafesinde ve BBS'de postural stabilite testinin, stabilite limitleri testinin ve dengenin duyusal entegrasyonu testlerinin tüm değerlerinde tedavi öncesine kıyasla istatistiksel anlamlı gelişme elde edildi (p<0,05). Grup 3'de ise tüm SFT parametrelerinin hem ölçülen hem de % prediktif değerlerinde, MIP ve MEP değerlerinde, 6DYT mesafesinde ve BBS'de postural stabilite testinin, stabilite limitleri testinin ve dengenin duyusal entegrasyonu testlerinin tüm değerlerinde tedavi öncesine kıyasla istatistiksel anlamlı gelişme elde edildi (p<0,05). Grup 1 ve Grup 2 arasında tedavi sonrası meydana gelen değişimler kıyaslandığında; Grup 2'de SFT'nin zorlu vital kapasite (FVC), zorlu ekspiratuar volüm 1. saniye (FEV1), tepe ekspiratuar akım (PEF) ve zorlu ekspiratuar akım %25-75 (FEF25-75) ölçümlerinin % prediktif değerlerinde, MEP değerinde, periferik kas kuvvetinin değerlendirildiği tüm parametrelerde, 6DYT mesafesinde ve BBS testlerinin tüm değerlerinde Grup 1'e kıyasla meydana gelen değişim istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0,05). Grup 1 ve Grup 3 arasında tedavi sonrası meydana gelen değişimler kıyaslandığında; Grup 3'te FVC, FEV1, PEF ve FEF25-75 ölçümlerinin % prediktif değerlerinde, MIP ve MEP değerlerinde ve BBS'nin postural stabilite ve dengenin duyusal entegrasyonu testlerinin tüm parametrelerinde, stabilite limitleri testinin ise "sola, sağa ve öne/sola" değerleri dışındaki tüm parametrelerde Grup 1'e kıyasla meydana gelen değişim istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0,05). Grup 2 ve Grup 3 arasında tedavi sonrası meydana gelen değişimler kıyaslandığında; Grup 2'de periferik kas kuvvetinin değerlendirildiği tüm parametrelerde ve 6DYT mesafesinde Grup 3'e kıyasla meydana gelen değişim istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0,05). Sonuç olarak, çalışmamız bronşektazili çocuk hastalarda sanal gerçeklik temelli egzersiz yaklaşımlarının geleneksel egzersiz yaklaşımlarıyla benzer kazanımlar sağladığını; özellikle çocuk hastalarda oyun temelli sanal gerçeklik uygulamalarının; egzersizlerin hedef odaklı, yüksek motivasyon ve tam katılım ile eğlenceli bir şekilde gerçekleştirilmesini sağlamasından dolayı tercih edilebilecek bir yaklaşım olduğunu göstermiştir. Ayrıca çalışmamızın sonuçlarına göre sanal gerçeklik temelli aerobik egzersiz eğitimi fonksiyonel kapasite ve periferik kas kuvvetinin; sanal gerçeklik temelli solunum egzersiz eğitimi ise solunum kas kuvvetinin gelişimine ek yarar sağlaması açısından tercih edilebilir bir yaklaşımdır.
  • PublicationOpen Access
    Robotik kalp cerrahisi olan hastalarda solunum fizyoterapisi ve inspiratuar kas eğitiminin solunum fonksiyonları, solunum kas kuvveti ve fonksiyonel kapasite üzerine etkisi / The effect of inspiratory muscle training and respiratory physiotherapy on pulmonary functions, respiratory muscle strength and functional capacity in patients who have undergone robotic hearth surgery
    Teknolojinin ilerlemesi ile kardiyak cerrahi alanında çok önemli gelişmeler yaşanmıştır. Daha küçük insizyon yerlerinden girilerek yapılan robotik cerrahi yöntemleri ile hastalarda cerrahi kaynaklı travmanın azaltılması amaçlanmış ancak ameliyat sonrası pulmoner komplikasyon riski tamamen ortadan kaldırılamamıştır. Literatürde median sternotomi yöntemi ile opere edilen hastalarda cerrahi sonrası solunum fizyoterapisinin rutin olarak uygulanması gerekliliği konusunda fikir birliği mevcuttur. Ancak robotik cerrahi yöntemi ile opere edilmiş hastalarda cerrahi sonrası solunum fonksiyonları, solunum kas kuvveti ve fonksiyonel kapasite değerleri üzerinde solunum fizyoterapisi ve inspiratuar kas eğitiminin etkinliği konusunda herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Ayrıca literatürde robotik cerrahi geçiren hastalarda ameliyat sonrası ağrı konusunda çalışmalar bulunmakta iken dispne ve yorgunluk konusunda yapılan çalışmalar çok sınırlıdır. Bu çalışmanın amacı robotik cerrahi geçiren hastalarda kapsamlı solunum fizyoterapisinin ve bu tedaviye ek olarak verilen inspiratuar kas eğitiminin solunum fonksiyonları, solunum kas kuvveti, fonksiyonel kapasite, yorgunluk, dispne ve ağrı üzerine etkisini araştırmaktır. Çalışmamız 18 yaş ve üstünde olan Maslak Acıbadem Hastanesi'nde robotik kalp damar cerrahisi yöntemi ile ameliyat olmaya uygun, ameliyat olmayı kabul eden ve kriterlere uyan 16 hasta gönüllülük esasına göre dahil edildi. Olgular randomize şekilde solunum fizyoterapisi (SF) ve solunum fizyoterapisine ek inspiratuar kas eğitimi (SF-IMT) gruplarına ayrıldı. Tüm hastalara cerrahiden bir gün önce solunum fonksiyon testi (SFT), solunum kas kuvveti testi, altı dakika yürüme testi (6DYT), akciğer difüzyon kapasitesi testi (DLCO), yorgunluk şiddet ölçeği (YŞÖ), yorgunluk etki ölçeği (YEÖ), bazal dispne indeksi (BDİ), modifiye tıbbi araştırma konseyi anketi (MMRC) ve vizüel analog skala ile dispne ve ağrı (VAS) değerlendirmeleri yapıldı. SF grubuna cerrahi sonrası birinci günden itibaren dört hafta boyunca diyafragmatik solunum, segmental solunum, büzük dudak solunumu, insentif spirometri ve öksürük eğitimi ve erken mobilizasyonu içeren kapsamlı solunum fizyoterapisi uygulandı. SF-IMT grubuna SF grubuna uygulanan tedaviye ek olarak günde iki kez üç set 10 tekrar olacak şekilde Threshold IMT® cihazı ile maksimum inspiratuar basıncın (maximum inspiratory pressure-MIP) %40'ı şiddetinde IMT verildi. Ameliyat sonrası beşinci ve 14. gün sadece SFT ve solunum kas kuvveti ölçümleri tekrarlanırken, dört haftanın sonunda tüm değerlendirmeler tekrarlandı. İstatistiksel analizler RStudiotm (versiyon 1.2.5042) programıyla yapıldı. Tüm verilerin dağılım özelliklerinin belirlenebilmesi için Shapiro-Wilk testi ile analiz edildi. Grup içi karşılaştırmalarda 'Paired Sample T-test', gruplar arası karşılaştırmalarda 'Independent Samples T-test' kullanıldı. Aynı parametrenin birden fazla ölçümünün gruplar arası ve grup içi analizi için "Repeated measures ANOVA" analizi yapıldı. Yorgunluk ve dispnenin bağımsız belirleyicilerinin tespit edilebilmesi ve solunum parametrelerinin yorgunluk ve dispne üzerindeki etki düzeyinin belirlenebilmesi için lineer regresyon analizi yapıldı. Tüm analizler için anlamlılık düzeyi p<0.05 olarak kabul edildi. Her iki gruptaki hastaların ameliyat öncesi demografik özellikleri, solunum fonksiyonları, solunum kas kuvveti, fonksiyonal kapasite değerleri, akciğer difüzyon kapasitesi, dispne ve yorgunluk değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark yoktu (p>0,05). SF grubunda cerrahi süresi ve kardiyopulmoner bypass süresi diğer gruba göre anlamlı yüksek bulundu (sırasıyla p<0,018 ve p<0,003). SF-IMT grubunda ameliyat öncesi ölçülen birinci saniyedeki zorlu ekspiratuar volüm (FEV₁), zorlu vital kapasite (FVC) ve tepe ekspiratuar akım hızı (PEF) % prediktif değerleri, MIP ve maksimum ekspiratuar basınç (mouth expiratory pressure-MEP) değerleri ile ameliyat sonrası beşinci gün ölçülen değerler karşılaştırıldığında istatistiksel olarak daha düşük bulunmuş (p<0,05) ancak beşinci gün ve 28. gün değerleri karşılaştırıldığında bu değerlerde anlamlı artış bulunmuştur (p<0,05). SF grubunda ise ameliyat öncesi ölçülen FVC, FEV1 ve PEF % prediktif değerleri ve MIP değeri ameliyat sonrası beşinci gün değerleri ile karşılaştırıldığında anlamlı düşük bulunmuş (p<0,05) ancak beşinci gün ve 28. gün bu değerlerde ve ek olarak MEP değerinde anlamlı artış bulunmuştur (p<0,05). SF grubunda fonksiyonel kapasiteyi gösteren 6DYM değerinde ve akciğer difüzyon kapasitesini gösteren DLCO değerinde ameliyat öncesi ile ameliyat sonrası 28. gün değerleri arasında anlamlı azalmanın görülmesi (p<0,05), uygulanan solunum fizyoterapisine rağmen dört haftalık süre içerisinde ameliyat nedeniyle azalan 6DYM ve DLCO değerlerinin ameliyat öncesi seviyeye dönmediğini göstermiştir. SF+IMT grubunda ise sadece DLCO değerinin ameliyat öncesi seviyeye dönmediği, 6DYM değerinin ise döndüğü görülmüştür. SF-IMT ve SF gruplarında meydana gelen değişimler birbirleri ile kıyaslandığında, SF-IMT grubunun MIP, MEP ve 6DYM değerleri SF grubunun değerlerindeki artıştan anlamlı olarak yüksek bulunmuştur (sırasıyla p<0,001, p<0,05, p<0,001). Bunların yanısıra her iki grupta da, yorgunluk ve dispne parametrelerinde ameliyat öncesi değerleri ile ameliyat ve fizyoterapi tedavi protokolü sonrası 28. gün değerleri benzer bulunmuştur (p>0,05). Her iki grupta da ameliyat sonrası beşinci ve 28. gün ağrı değerleri karşılaştırıldığında anlamlı azalma görülmüştür (p<0,05). Çalışmamızın sonucunda, robotik kalp ameliyatı olan hastalarda ameliyat sonrası birinci günden itibaren solunum egzersizleri, insentif spirometre, öksürük eğitimi ve erken mobilizasyonu içeren ve dört hafta süreyle uygulanan kapsamlı solunum fizyoterapisi sonunda SF ve SF-IMT grubunda ameliyat nedeniyle azalmış olan solunum kas kuvvetlerini (MIP ve MEP değerlerini) ve solunum fonksiyon değerlerini (FEV1, FVC ve PEF % prediktif değerlerini) ameliyat öncesi seviyeye getirmiştir. Solunum fizyoterapisi+IMT uygulanan grupta ise, bu değerlere ek olarak fonksiyonel kapasite değeri de (6DYM) ameliyat öncesi seviyeye ulaşmıştır.
  • PublicationOpen Access
    Yeşil kimya yöntemiyle bakır nanopartiküllerin oluşturulması, epigallokateşin ile kombinasyonun PLGA nano-taşıyıcılarına yüklenmesi ve meme kanseri üzerinde anti-tümör etkilerinin in vitro ve in vivo araştırılması / Production of copper nanoparticules by the green chemistry method, loading of epigallocatechin combination on PLGA nano-carriers and investigation of their in vitro and in vivo anti-tumor effects on breast cancer
    Fitokimyasal bileşikler genelde antioksidan özelliğe sahip olmakla birlikte, serbest demir ve bakır varlığında Fenton reaksiyonu gereği pro-oksidan etki gösterdiklerinden kanser tedavisinde kullanılmaktadır. Bununla birlikte, fitokimyasalların biyoyararlanımlarının düşük olması, terapötik dozlarının yüksek olması ve selektivitelerinin istenilen düzeyde olmaması kanser tedavisinde kullanımlarını zorlaştırdığından, biyoyarlanımlarını artırıcı, daha düşük dozlarda etkinliğini artırmaya ve hedefe yönelik fitokimyasal tedavi yöntemleri geliştirmeye yönelik çalışmalar önem kazanmıştır. Son yıllarda yapılan çalışmalar ile, metalik serbest bakır (Cu) ve demir (Fe) varlığında antioksidan fitokimyasalların, Fenton reaksiyonu olarak bilinen redoks reaksiyonu gereği pro-oksidan etki gösterdikleri, dolayısı ile kanser hücrelerini DNA hasarı yolu ile öldürme potansiyeline sahip oldukları gösterilmiştir. Özellikle Cu'ın, kanser hücrelerinde normal hücrelere göre daha yüksek konsantrasyonlarda olması, fitokimyasalların kanser hücreleri üzerinde selektivitesini de artırmaktadır. Dolayısı ile hedeflenen fitokimyasal bileşiklerin Cu ile birlikte nano teknolojik yöntemlerle hedef dokuya taşınmasıyla, hem fitokimyasal bileşiğin pro-oksidan etkinliğinin artırılması hem de sağlam dokulara zarar vermeden sadece kanser dokusunda etkili olmasının sağlanması düşünülmüştür. Amacımız, yeşil kimya yöntemi ile oluşturulan Cu nano-partiküllerini yeşil çayda fazla miktarda bulunan ve önemli bir antioksidan fitokimyasal olan epigallokateşin ile birlikte nano-taşyıcılara yükleyerek epigallokateşinin (EGC) hedef kanser dokusuna taşınması ve anti-tümor etkinliğinin artırılmasıdır. Biyo-sentezlenmiş Cu nano-konjugatlar uzun süre oldukça kararlı ve in vitro ve in vivo sistemlerde biyouyumlu olduğu bulunmuştur. Anti-oksidan fitokimyasal olarak EGC kullanılırken, Cu, yeşil kimya yöntemi ile metalik nano- partiküllere dönüştürülmüş ve her ikisi de poli (laktik-ko-glikolik asit) (PLGA) nano misellerinin içine yüklenmiştir. Bunun için, öncelikler in vitro ortamda, yeşil kimya ile üretilen nano-Cu ile EGC PLGA nano-partikülünün farklı konsantrasyonlarının meme kanser hücreleri (4T-1) üzerine genotoksik, apoptotik ve sitotoksik etkileri analiz edilecek ve sağlam meme hücreleri ile karşılaştırılaştırılmıştır. EGC 'nin IC50'si DMSO ve PLGA-EGC-Cu'da 72 saat içerisinde sırasıyla 2,89 mg ± 1,8757; 7,37 mg ± 12,129 iken, serbest nano Cu IC50'si 4,70 mg ± 0,3596 olarak bulunmuştur. PLGA'daki epigallokateşin, DMSO'daki epigallokateşine kıyasla hücrelerin % 50'sinde ölüme neden olabilmesi için daha yüksek bir konsantrasyona ihtiyaç duymuştur. Aynı zamanda PLGA-EGC-bakır formülasyonunun 24 saat içerisinde 4T-1 hücrelerini öldürdüğü, canlı hücrelerin 48 ve 72 saat içerisinde proliferasyona uğradığını göstermektedir. In vitro ortamda etkin doz tespit edilmiş, sonrasında aynı kompleks in vivo ortamda deney hayvanlarına verilerek anti-tümör etkinliği araştırılmıştır. 4T-1 tümörlü nude farelerde, serbest EGC ve serbest nano Cu göre PLGA-EGC-bakır kombine tedavi ile en iyi sonuçları vermiştir. Tümör hacmi, tedavi edilmeyen grup, nano Cu, PLGA-EGC-Cu ve PLGA-EGC tedavi grupları ile karşılaştırıldığında yaklaşık 15 kat, 3,5 kat ve 2,86 kat azalmıştır. PLGA nano taşıyıcısı FITC işaretli olacağından, farelere uygulanan nanopartikülerin tümörde tutulumu IVIS görüntüleme cihazı ile takip edilebilmiştir. Böylece, hem fitokimyasalın pro-oksidan etkisi artırılarak tümör hücreleri üzerine daha düşük dozlarda etkili olması, hem de kanser dokusuna yoğunlaştığından sağlam hücrelere zarar vermesi önlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Doğal Antioksidanlar, Hedefli Kanser Tedavisi, Bakır, ROS, Pro-oksidan , Kombin Terapi , Yeşil Kimya
  • PublicationOpen Access
    Tam otomatik izositrat dehidrogenaz enzim aktivitesi ölçüm kitinin geliştirilmesi ve izositrat dehidrogenaz enziminin rekombinant üretimi / Development of fully automated isocitrate dehydrogenase enzyme activity assay kit and recombinant production of isocitrate dehidrogenase enzyme
    İzositrat dehidrogenaz (IDH) enzimi izositratın oksidatif dekarboksilasyonunu gerçekleştirerek α-ketoglutarat (α-KG) ve karbondioksit (CO2) üetimini katalizleyen bir enzimdir. Metabolizmada birçok dokuda yoğun olarak bulunan bu enzimin nikotinamid adenin dinükleotit fosfat (NADPH+H) kaynağı olarak görev yapmasının yanında glukoz, yağ asidi ve glutamin metabolizmasında rolü olduğu bilinmektedir. NADPH+H molekülü hem hücresel biyosentez reaksiyonlarında hem de indirgeyici ekivalan molekül olarak kullanılması sebebiyle antioksidanlara karşı savunmada büyük role sahiptir. IDH enziminde gerçekleşen mutasyonlar enzimde neomorfik aktiviteye yol açarak normalde ürün olarak ortaya çıkan α-KG' ı substrat olarak kullanmasına ve NADPH+H üretiminin aksine tüketimine sebep olur. Bu değişim hücresel düzeyde birçok yolağı etkileyerek kanser gelişimine yol açar. Başta gliomalar olmak üzere; lösemi, lenfoma, kolanjiokarsinoma, kondrosarkoma ve pankreas tümörlerinde de IDH mutasyonu bildirilmiştir. Serumda NADP+-bağımlı IDH aktivitesi artışının, karaciğer doku hasarının belirlenmesinde rutinde kullanılan aspartat amino transferaz (AST), alanin aminotransferaz (ALT), alkalen fosfataz (ALP), γ-glutamil transferaz (GGT) enzimlerinden daha hassas sonuçlar verdiği bilinmektedir. Klinik olarak büyük öneme sahip bu enzimin ve mutant formunun aktivitesindeki değişiklikleri tespit edebilecek basit ve ucuz bir yöntem bulunmamaktadır. Mutant enzim ile ilgili yapılan çalışmalarda kullanlan yöntemler biyopsi ile alınan doku örnekleri ile çalışılan, girişim gerektiren tekniklerdir. Bu çalışma ile NADP+-bağımlı normal ve mutant IDH enzim aktivitesinin hastalardan alınan kan örnekleri ile çalışılabilecek ve tüm rutin biyokimya laboratuvarlarında bulunan otomatik kimya analizörleri ile uyumlu olarak kullanılabilecek bir kit geliştirilmesi planlanmıştır. Enzimin kofaktör olarak kullandığı molekül olan NADPH+H molekülünün 340 nm'de verdiği absorbans değişiminden yararlanılarak spektrofotometrik yöntemle enzim aktivitesi hakkında bilgi sahibi olunması amaçlanmıştır. Geliştirilecek kit çalışmalarında kullanılmak üzere kalibratör-kontrol materyali olarak kullanılabilecek mutant ve normal form NADP+-bağımlı IDH enzimilerinin rekombinant üretimi hedeflenmiştir. Çalışmanın seyri sırasında mutant enzimin aktivitesinin ölçüme uygun olmadığı tespit edilmiştir. NADP+-bağımlı IDH aktivitesi ölçüm metodunun geliştirilmesi çalışmaları ile 2 nin altında % CV değeri, LoB 0.1744 U/L performans özelliklerine sahip 0 – 1200 U/L arasında doğrusal olan bir ölçüm kiti üretilmiştir. Hem normal form hem de R132H mutant form NADP+-bağımlı IDH enzimlerinin ökaryotik bir mikroorganizma olan Pichia Pastoris maya hücrelerinde rekombinant üretimi gerçekleştirilmiştir. Rekombinant üretilen normal NADP+-bağımlı IDH enziminin izositrat için Vmax ve KM değerleri sırasıyla 4.55 μM/dk ve 108 μM olarak bulunmuştur. Anahtar kelimeler: İzositrat dehidrogenaz, enzim aktivite ölçümü, rekombinant, Pichia Pastoris.
  • PublicationOpen Access
    Twin blok tedavisi gören normal ve fazla kilolu hastaların tükürük leptin düzeylerinin iskeletsel ve dişsel değişime etkisinin karşılaştırılması / Comparison of skeletal and dental effects of salivary leptin in normal and overweight patients after twin block therapy
    Sınıf II maloklüzyon; problemin kaynaklandığı çeneye göre farklı şekillerde tedavi edilebilir. Mandibular retrognati, Sınıf II maloklüzyonun en sık görülme nedeni olup, ideal tedavi hedefi mandibulanın büyüme ve gelişimini stimüle etmektir. Twin Blok apareyi, 2 parçadan oluşması sebebiyle hastalarda kullanım rahatlığı sunması, üst çenede aynı zamanda genişletme yapılabilmesi gibi avantajlarından dolayı en çok tercih edilen fonksiyonel apareylerden biridir. Twin Blok uygulaması ile yapılan fonksiyonel tedavide alt çene aşağı ve öne konumlandırılmakta, bu sayede alt çene kondilindeki liflerin gerilimesiyle endokondral kemikleşme stimule edilmektedir. Bu durum mandibula boyutunda artışa sebep olmaktadır. Literatürde endokondral kemikleşmeyi ve dolayısıyla tedavi etkinliğini değiştirebilen çeşitli faktörler bildirilmiştir. Bu faktörlerden biri olan leptin hormonu, yağ dokusunun fazla olmasına bağlı olarak kilolu hastalarda normalden fazla salgılanır. Bu sebeple, kilolu hastalarda endokondral kemikleşme miktarı leptin düzeyi artışına bağlı olarak artacağı düşünülebilinir. Endokondral kemikleşme modeli olarak farelerdeki mandibular kondilinin kullanıldığı bir çalışmada da leptinin kondildeki kondrosit popülasyonu üzerine doğrudan etkisinin olduğu görülmüştür. Literatürde leptin düzeyinin, osteoklastik aktivite ve endokontral kemikleşme üzerine olan etkisi ile ilgili çalışmalar mevcut iken, fonksiyonel tedavi etkinliğinde leptin miktarının etkisinin ölçüldüğü çalışma bulunmamaktadır Bezmialem Vakıf Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi Ortodonti Anabilim Dalına tedavi amacıyla başvuran 32 hasta; fazla kilolu ve normal kilolu olmak üzere iki gruba ayrılmıştır. Fazla kilolu hastalar, Dünya Sağlık Örgütünün çocuk ve adolasanlar için belirlediği tabloda 85 persentil ve üzeri hastalardan, normal kilolu hastalar ise 85 ve 15 persentil arası bireylerden oluşturulmuştır. Boy Kilo İndeksine ek olarak, leptin düzeyi hastaların yağ dokusu mikarıyla da doğru orantılı olduğundan, tedavi başında 3. ayda ve tedavi sonunda hastaların yağ oranına da bakılmıştır. Hastaların yağ oranı Bezmialem Vakıf Üniversitesi dietetik bölümünde DEXA cihazı ile ölçülmüştür. Tedavide kullanılacak olan Twin Blok apareyleri Clark´ın 2002 yılında tanıttığı gibi dizayn edilmiştir. Kapanış kaydı sagittal aktivasyonu, mandibulanın en ileri pozisyonun yüzde 70'i kadar ileri alınarak; vertikal aktivasyonu, 2-4 mm istirahat aralığının üzerine çıkılarak yapılmıştır. Normal ve fazladan düzeltim yapıldıktan sonra tedavi sonlandırılmıştır. Endokondral kemikleşmeye bağlı kondil boyu artışı, tedavi başında ve sonunda lateral sefalometrik filmler aracılığıyla, lineer ölçümlerden oluşan Pancherz sefalometrik analiz yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. Tüm hastalardan 5 farklı zamanda (tedavi başı, 1. ay, 3. ay, 6. ay ve tedavi sonu) stimule olmamış tükürük, invaziv olmayan pasif akıtma yöntemiyle alınmıştır. Tükürük örneği (5 ml) saat 9 ile 12 saatleri arasında yemekten en az 1 saat sonra alınmıştır. Örnekler hastalar dik oturtularak başları öne eğilecek ve tüp ağızının köşesine konularak tükürük tübe akıtılmıştır. Toplanan tükürük 15 dakika boyunca 4˚C'de boş kuru tüp içinde 15,000 x g´de santrifüj edilmiştir. Alınan süpernatant'ın 1 ml ´si cryotüplerde -80 ˚C'de derin dondurucuda leptin analizi yapılıncaya kadar saklanmıştır. Daha sonra tükürük örneklerinden ELISA kitleriyle leptin düzeyleri fotometrik olarak ölçülmüştir. Bu çalışmanın bulgularına göre, Sınıf II bölüm 1 malokluzyonu olan aşırı kilolu ve normal kilolu hastaların Twin Blok apareyi ile tedavilerinin sonucu başarıyla gerçekleştirilmiştir. Tedavi sonunda her iki grupta da Sınıf 1 molar ve kanin ilişki elde edilmiş, overjet ve overbite önemli miktarda azalmış, konveks profil ortadan kalmıştır. Aşırı ve normal kilolu hasta gruplarında maksillada istatiksel olarak anlamlı ciddi bir fark bulunamazken, mandibula uzunluğunda aşırı kilolu hastalarda normal kilolu hastalara göre istatiksel olarak (0,01
  • PublicationOpen Access
    Afetlerde sanal gerçekliğin stres yönetimi üzerine etkisi / Effects of virtual reality on stress management of disasters
    Sağlık hizmetleri, yeni teknolojilerden çok hızlı şekilde etkilenen alanlardan biridir. Sağlık hizmetlerinin sunumunda kullanılan teknolojiler doktorlara, hemşirelere ve diğer sağlık çalışanlarına daha az hatayla işlerini yapma şansı verirken hastaların da daha kısa sürede iyileşmelerini sağlamaktadırlar. Bunlara ek olarak kullanılan teknolojiler, hizmet verimliliğini arttırmada ve kalitenin yükseltilmesinde önemli etkenler arasında yer almaktadır. Bu teknolojiler arasındaki sanal gerçeklik teknolojilerinin, gelecekte sağlık hizmetlerinde önemli derecede etkili olacağı düşünülmektedir. Klinik açıdan da onaylanan sanal gerçeklik teknolojileri dünya çapında yaygın şekilde kullanılmaya başlanmıştır. Sağlık bilimleri eğitiminde, geleneksel yöntem ve teknikler eğitimcilerin ve öğrencilerin ihtiyacını karşılamada, sorunlarını çözmede ve öğrencilerin öğreticileriyle etkileşim içerisinde kalmasında artık yetersiz duruma gelmiştir. Bundan dolayı da idareciler ve araştırmacılar eğitim ve öğretimde yeterli ve etkin bir model oluşturmak için teknolojik araçlardan yararlanmaya başlamıştır. Bu teknolojik araçlardan biri de etkileşimli öğrenmeyi sağlayan sanal gerçeklik teknolojileridir. Sanal gerçeklik, sanal çevrede kişiye herhangi bir durumun içinde onu yaşıyormuş hissi vererek ekstra bir boyut sağlamaktadır. Genel manada sanal gerçeklik, kurgu ve teknolojiyle gerçek ve hayalin birleştirilmesidir. Sağlık hizmetlerinde cerrahi, tedavi, rehabilitasyon ve eğitim alanında kullanılan bu teknolojiler hem hastalara hem de sağlık çalışanlarına işlerini yapmada kolaylık sağladığından uluslararası boyutta sağlık hizmetlerinde kullanımını yaygınlaştırmıştır. Bunlara paralel olarak uluslararası literatürde sanal gerçeklikle sağlık hizmeti arasındaki ilişki ve faydaları hakkında çok sayıda çalışma bulunmaktadır (1). Sanal gerçekliğin tıp eğitiminde kullanılmasının yaygınlaşması ile birlikte özellikle acil müdahale gerektiren ve stresli bir ortam olan olay yeri müdahale ekiplerinin eğitimi daha da önem kazanmıştır. Tüm dünyada acil komuta merkezlerine ulaşan çağrı ile görev tanımlaması olan ve olay yerine ilk müdahaleyi yapan acil müdahale ekipleri, olayın tanınması, bilginin komuta merkezine aktarılması, hayat kurtarıcı müdahalelerin yapılması, gerektiğinde olay yeri güvenliği ve tehditlerin giderilmesi için komuta kontrol merkezi aracılığıyla paydaş kurumlara (polis, itfaiye, Afad…) ulaşılması ve olaya maruz kalan kurbanın nihai tedavisinin sağlanacağı sağlık merkezine sevkinin ivedilikle gerçekleştirilmesini sağlamaktadır. Bu sürecin başından sonuna kadar acil müdahale ekipleri olaya bağlı, kişiye bağlı, ortama bağlı ve çevresel olarak stres altında görevlerini yerine getirmeye çalışmaktadır (2). Acil müdahale ekiplerinin müdahale ettiği çoklu yaralanmalı olaylarda, acil müdahale ekibindeki kişinin bilgi düzeyi, stres yönetimi ve hayat kurtarıcı triyaj ile müdahalelerin yapılması olaya maruz kalan kurbanların sağ kalımını arttırmakta ve olay yeri yönetiminin kalitesini üst düzeye çıkarmaktadır. Acil müdahale ekiplerinin belli eğitim düzeyine sahip olması ve alanda oaly yeri yönetiminde stresin azaltılması kişilere verilen eğitim ile uygun düzeye çıkarılmaya çalışılmaktadır. Kişilerin afetlerde olay yeri yönetimi çeşitli teorik, bilgisayar bazlı, operasyon bazlı ve çok paydaşlı tatbikatlar ile arttırılmaktadır. Bu eğitimlerin yapılabilmesi için büyük bütçe ve zamanlara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu eğitimlerin Sanal gerçeklik ile uygulanması kişileri gerçek hayattaki gibi afet olayların simüle edilerek düşük maliyet ile donanımını sağlamaktadır. Ayrıca bu eğitimlerin miktarının ve kalitesinin artması acil müdahale ekiplerinin afetlerde olay yeri yönetimi esnasında yaşadıkları stresi azaltmaktadır (3). Acil müdahale ekiplerine verilen olay öncesi eğitim ve yapılan tatbikatlar, kişilerin dayanıklılığını arttırarak değişik yaşam ortamlarına hızlı adapte olmalarını sağlamaktadır. Literatürde yapılan ve acil müdahale ekiplerinin dayanıklılık ve stres yönetiminde gerçeğe uygun olarak tasarlanan tatbikatların etkisinin fazla olduğu gösterilmiştir.
  • PublicationOpen Access
    Rosmarinus türlerinde bulunan bazı diterpenoid bileşiklerin plazmada sıvı kromatografik analizleri ve biyoyararlanımlarının incelenmesi / Plasma liquid chromatographic analysis and investigation bioavailability of some diterpenoid compounds in rosmarinus species
    Bu çalışmada başta antikarsinojenik etki olmak üzere çok çeşitli tıbbi etkileri olduğuna dair bilimsel çalışmalar bulunan, başta Rosmarinus türleri olmak üzere Lamiaceae familyasından değişik türlerde de var olan karnosol ve karnosik asit adlı iki diterpenoid bileşiğin insan plazmasında miktar tayini yapılabilmesini sağlayan her iki bileşik için yeni birer yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) metodu geliştirilmiştir. Bu amaçla plazma numunelerinden sıvı sıvı ekstraksiyon tekniği ile ekstre edilen maddeler; karnosol için ters faz kromatografi, C18 (250 mm × 4,6 mm × 5 μm) kolon ve metanol-%2 o-fosforik asit karışımından oluşan bir mobil fazla gradient akış profili ve 1,2 mL/dk akış hızıyla, karnosik asit için ise C18 (150 mm × 4,6 mm × 5 μm) kolon ve metanol-%2 o-fosforik (90:10 (h/h)) asit karışımından oluşan bir mobil fazla izokratik akışta ve 1 mL/dk akış hızıyla ayrılmışlardır. Her iki bileşikte UV dedeksiyonda 230 nm de tayin edilmiştir. Geliştirilen yöntemler ICH kriterleri çerçevesinde seçicilik, doğruluk, kesinlik, gözlenebilme sınırı (LOD), tayin sınırı (LOQ), sağlamlık ve dayanıklılık bakımından valide edilmiştir. Karnosol ve karnosik asite ait yöntemlerin sırasıyla doğrusallık sınırları 1-20 ng/mL ve 0.25-8 ng/mL, kalibrasyon sonucu elde edilen doğru denklemlerinin korelasyon katsayıları 0.9942 ve 0.9906'dır. Karnosole ve karnosik aside ait yöntemlerin gün içi ve günler arası kesinliklerini gösteren % RSD değerleri sırasıyla en fazla 5,71 ve 5,13'dür. Ayrıca, her iki bileşik de retansiyon zamanlarında preparatif HPLC kullanılarak toplanmış ve tandem kütle spektrometrik dedektörlü HPLC ve IR yöntemleriyle yapıları aydınlatılmıştır. Geliştirilen yöntemler sağlıklı gönüllü üzerinde Rosmarinus officinalis L. ekstresinin oral yolla verilmesinin ardından her iki bileşiğin farmakokinetik parametlerinin (Cmaks, tmaks, t1/2 ve AUC0-t, AUC0-∞) hesaplanmasında kullanılmıştır.
  • PublicationOpen Access
    Cerrahi ilk hastalarında diş hareket hızı ve kemik biyobelirteçlerinin değerlendirilmesi / Rate of tooth movement and bone biomarkers in surgert first patients
    Dentofasiyal deformitenin düzeltilmesinde cerrahi ve ortodontik tedavinin beraber uygulandığı yöntem ortognatik cerrahi olarak adlandırılmaktadır. Geleneksel ortognatik cerrahi tedavisi öncelikle dişlerin düzeltildiği ortodontik tedavi aşamasını, ikinci olarakta çenelerin düzeltilip yeniden konumlandırıldığı cerrahi aşamayı içermektedir. Günümüzde ortodontik tedavi süresi hasta memnuniyetinin önemli bir belirleyicisidir. Geleneksel yöntemde preoperatif ortodontik tedavi süresinin 1-2 yıl arasında değiştiği ve bu süre zarfında hastanın yüz estetiği ile dental fonksiyonunun giderek kötüleştiği rapor edilmiştir. Hastanın asıl beklentisinin gecikmeli olarak karşılanması ve uzamış ortodonti tedavisi hasta memnuniyetini önemli ölçüde azaltmaktadır. Bu tür problemlerin giderilmesi ve estetik kaygılarının daha önce karşılanması için Cerrahi İlk yaklaşımı geliştirilmiştir. Bu yaklaşımda önce cerrahi tedavisi ile iskeletsel deformite giderilmekte sonra ortodonti tedavisi yapılmaktadır. Bu tekniğin en büyük avantajı ortodontik hazırlık aşamasının ortadan kalkması dolayısıyla hastanın estetik beklentisinin erken dönemde karşılanmasıdır. Ayrıca Cerrahi İlk yaklaşımı ile diş hareket hızının arttığı ve tedavi süresinin kısaldığı farklı çalışmalarda rapor edilmiştir. Kemik yapım ve yıkım biyobelirteçlerinin değerlendirildiği bir çalışmada cerrahi sonrası ilk 3- 4 aylık süreçte osteoklastik aktivitede artış saptanmış, bu artış bölgesel hızlanma fenomeni (RAP) ile ilişkilendirilmiştir. RAP travma sonrasında kemik dokusunda artan metabolik faaliyetler olarak tanımlanmıştır. Metabolik faaliyetlerdeki bu artışın diş hareketlerini de hızlandırdığı öne sürülmüştür. Çalışmamızda üst 1.premolar diş çekimi endikasyonu olan Cerrahi İlk yaklaşımı ile tedavi edilen hastalarla sabit ortodontik tedavi ile tedavi edilen hastaların diş hareket hızı ve kemik metabolizma belirteçlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Cerrahi grubundaki hastalardan ameliyattan önce ve 1, 2, 3, 4 ay sonra, kontrol grubunda ise tedavi öncesi, distalizasyon öncesi, 1, 2 ve 3 ay sonra olmak üzere kayıt toplanmıştır. Bu kayıtlar diş eti oluğu sıvısı, fotoğraflar ve dental alçı modellerini içermektedir. Diş eti oluğu sıvısı Periopaper strip ile günün erken saatlerinde kanin dişin distalinden toplanmış, Periotron cihazı ile miktar tayini yapıldıktan sonra ölçüm yapılıncaya kadar -80° bekletilmiştir. Daha sonra bu numunelerden ELİSA kitleri ile kemik metabolizma belirteçlerinden kemik yıkım belirteci olan RANKL ve kemik yapım belirteci olan OPG miktarı tayin edilmiştir. Aynı dönemlerde hastalardan alınan alçı modeller 3Shape Ortho Analyzer ™ programı ile taranarak diş hareket miktarı belirlenmiştir. Cerrahi İlk hastalarında aylık ortalama kanin distalizasyon miktarı 1.54 mm iken, kontrol grubunda ise 1.07 mm olarak bulunmuştur (p=0.05). Distalizasyon kuvvetlerinin uygulanmaya başlandığı T2 döneminden itibaren RANKL miktarında gözlenen artış oranı, cerrahi ilk grubunda kontrol grubuna göre anlamlı miktarda fazladır. En yüksek değerine T4 döneminde ulaşmıştır. OPG miktarındaki azalma oranı ise cerrahi grubunda T2 döneminden itibaren anlamlı ölçüde daha fazladır. En küçük değerine T4 döneminde ulaşmıştır. Cerrahi grubunda RANKL/OPG miktarındaki artış ve kanin distalizasyon miktarındaki artış uyumludur. Bu çalışmanın bulgularına göre Cerrahi İlk uygulaması ile ortodontik diş hareket hızı artmaktadır. Cerrahi müdaheleye bağlı olarak RAP fenomeninin göstergelerinden biri olarak kabul edilen RANKL/OPG değişimi distalizasyon kuvvetlerinin uygulandığı ve özellikle antienflamatuar ilaçların etkisinin geçtiği 2. aydan itibaren gözlenmiştir.
  • PublicationOpen Access
    İşitme engelli çocuklarda core (gövde) stabilizasyon egzersizlerinin solunum kas kuvveti, solunum fonksiyonları ve postural kontrol üzerine etkisi / The effect of core stabilization exercises on the respiratory muscle strength, respiratory functions and postural control in children with hearing impairment
    İşitme engelli (İE) çocuklarda yapılan çalışmalar; bu çocuklarda motor gelişimde gecikmeler, hareketlerin koordinasyonunda azalma, hipotoni, yaşıtlarına göre düşük kardiyorespiratuar seviye ve düşük musküler endurans gibi bir takım sorunlardan bahsetmektedir. Literatür incelendiğinde İE çocuklarda solunum fonksiyonlarının ve postural kontrolün değerlendirildiği çalışmalar ile karşılaşmaktayız. Ancak bu çocuklarda solunum kas kuvvetini değerlendiren çalışmaya rastlanmamıştır. Ayrıca bu çocuklarda tek başına uygulanan core (gövde) stabilizasyon egzersizlerinin solunum kas kuvveti, solunum fonksiyonları ve postural kontrol üzerine etkileri araştırılmamıştır. Bu nedenle core stabilizasyon eğitimin İE çocuklarda solunum kas kuvveti, solunum fonksiyonları ve postural kontrol üzerine etkilerini araştırmak amacıyla bu çalışmayı planladık. Çalışma kapsamında yaşları 9-15 yaş aralığında olan prelingual sensörinöral işitme kaybı tanısı almış 30 İE çocuk randomize şekilde çalışma ve kontrol gruplarına ayrıldı. Tüm olgulara solunum fonksiyon testi (SFT), solunum kas kuvveti ölçümü, "Biodex Balance System® (BBS)" cihazı ile postural stabilite, stabilite limitleri ve dengenin duyusal entegrasyonu testleri ve Denge Hata Puanlama Sistemi (DHPS) uygulandı. Kontrol grubuna herhangi bir eğitim verilmezken, çalışma grubuna birinci seviyede; stabil bir yüzeyde yapılan statik kontraksiyon eğitimi, ikinci seviyede; stabil bir yüzeyde yapılan dinamik eğitim, üçüncü seviyede; stabil olmayan bir yüzeyde yapılan dinamik ve dirençli eğitimden oluşan core (gövde) stabilizasyon eğitim protokolü uygulandı. Sekiz haftanın sonunda değerlendirmeler tekrarlandı. Veri analizi için SPSS v.20 programı kullanıldı. Niteliksel değişkenlerin analizi χ2-testi ile yorumlandı. Niceliksel verilerin dağılım özelliklerine göre grup içi karşılaştırmalarda Paired Sample T-test ya da Wilcoxon testi; gruplar arası karşılaştırmalarda ise Independent Samples T-test ya da Mann Whitney U testi kullanıldı. Tüm analizler için anlamlılık düzeyi p<0.05 olarak kabul edildi. Sekiz haftalık eğitim sonrasında çalışma grubunda zorlu vital kapasitede (FVC) ve tepe ekspiratuar akım hızında (PEF), maksimum inspiratuar basınçta (MIP), maksimum ekspiratuar basınçta (MEP), BBS'nin postural stabilite, stabilite limitleri ve dengenin duyusal entegrasyonu testlerinin tüm parametrelerinde anlamlı gelişmeler elde edildi (p<0,05). DHPS'nin düz zemin 'çift bacak', 'tek bacak', 'tandem' duruş ve köpük zemin 'çift bacak' ve 'tandem' duruş parametrelerinde anlamlı iyileşmeler sağlandı (p<0,05). Hiçbir eğitim verilmeyen kontrol grubunda ise solunum fonksiyonları, solunum kas kuvveti, BBS ve DHPS'de ilk ölçüm ve son ölçüm arasında anlamlı fark bulunmadı (p>0,05). Testlerin gruplar arası karşılaştırmasında ise solunum fonksiyonlarına ait parametrelerde gruplar arasında anlamlı fark görülmezken, solunum kas kuvveti ölçümünde MEP değerinde çalışma grubu lehine anlamlı fark bulundu (p<0,01). BBS'nin gruplar arası karşılaştırmasında postural stabilite testinin; 'genel' ve 'anterior/posterior', stabilite limitleri testinin; 'genel', 'sola', 'geriye/sola' ve 'geriye/sağa' parametrelerinde, dengenin duyusal entegrasyonu testinin; 'gözler açık/kapalı düz zemin', 'gözler kapalı köpük zemin' ve 'kompozit skor' parametrelerinde çalışma grubu lehine anlamlı artış saptandı (p<0,05). DHPS'nin gruplar arası karşılaştırmasında ise 'genel toplam skor'da çalışma grubu lehine anlamlı fark gözlendi (p<0,01). Literatürde sağlıklı ve hasta popülasyonlarında core stabilizasyon eğitiminin, solunum kas kuvveti ve solunum fonksiyonlarına ve postural kontrol üzerine olumlu etkisi olduğu bildirilmektedir. Çalışmamızın sonuçlarına göre, İE çocuklar için de benzer olumlu etkilerin olabileceği, core stabilizasyon egzersizlerinin ileri ve çok ileri derecede işitme kaybı olan çocuklarda solunum kas kuvvetini, solunum fonksiyonlarını ve postural kontrolü iyileştirdiği gözlenmiştir. Çalışmamızdan elde ettiğimiz sonuçların ışığında, bu çocukların rehabilitasyon programlarına core stabilizasyon egzersizlerini kapsayan bir eğitimin dahil edilmesi yararlı olacaktır.